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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igm | ||||||
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タイトル | THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN FV FROM A HUMAN IGM IMMUNOGLOBULIN | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, Z.-C. / Guddat, L.W. / Edmundson, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Three-dimensional structure of an Fv from a human IgM immunoglobulin. 著者: Fan, Z.C. / Shan, L. / Guddat, L.W. / He, X.M. / Gray, W.R. / Raison, R.L. / Edmundson, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1igm.cif.gz | 57 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1igm.ent.gz | 44.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1igm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1igm_validation.pdf.gz | 373.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1igm_full_validation.pdf.gz | 384 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1igm_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1igm_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 8 AND 95 OF L CHAIN ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12470.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 5524145 |
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#2: 抗体 | 分子量: 13789.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20-22 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 10089 / Num. obs: 8539 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / Num. measured all: 30357 / Rmerge(I) obs: 0.0695 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.201 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 8225 / Rfactor obs: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |