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- PDB-1igl: SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II RELATIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igl
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II RELATIONSHIP TO RECEPTOR AND BINDING PROTEIN INTERACTIONS
要素INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of organ growth / genomic imprinting / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of multicellular organism growth ...embryonic placenta morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of organ growth / genomic imprinting / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of multicellular organism growth / exocrine pancreas development / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of cell division / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / embryonic placenta development / SHC-related events triggered by IGF1R / insulin-like growth factor receptor binding / striated muscle cell differentiation / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / animal organ morphogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / insulin receptor binding / growth factor activity / hormone activity / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / glucose metabolic process / osteoblast differentiation / insulin receptor signaling pathway / Platelet degranulation / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. ...Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Torres, A.M. / Forbes, B.E. / Aplin, S.E. / Wallace, J.C. / Francis, G.L. / Norton, R.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of human insulin-like growth factor II. Relationship to receptor and binding protein interactions.
著者: Torres, A.M. / Forbes, B.E. / Aplin, S.E. / Wallace, J.C. / Francis, G.L. / Norton, R.S.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: Insulin-Like Growth Factors I and II
著者: Humbel, R.E.
#2: ジャーナル: FED.PROC. / 年: 1983
タイトル: Tertiary Structures, Receptor Binding, and Antigenicity of Insulinlike Growth Factors
著者: Blundell, T.L. / Bedarkar, S. / Humbel, R.E.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1978
タイトル: Insulin-Like Growth Factor: A Model for Tertiary Structure Accounting for Immmunoreactivity and Receptor Binding
著者: Blundell, T.L. / Bedarkar, S. / Rinderknecht, E. / Humbel, R.E.
履歴
登録1994年12月29日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4841
ポリマ－7,4841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: ARG 30 - PRO 31 MODEL 5 OMEGA = 213.63 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ARG 3 - PRO 4 MODEL 13 OMEGA = 148.68 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: THR 62 - PRO 63 MODEL 18 OMEGA = 148.91 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II


分子量: 7484.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01344
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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