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万見
- PDB-1idp: Crystal structure of scytalone dehydratase F162A mutant in the un... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idp
タイトルCrystal structure of scytalone dehydratase F162A mutant in the unligated state
要素SCYTALONE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / MELANINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


scytalone dehydratase / scytalone dehydratase activity / melanin biosynthetic process / endosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Scytalone dehydratase / : / Scytalone dehydratase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Scytalone dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Nakasako, M. / Motoyama, T. / Yamaguchi, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization of scytalone dehydratase F162A mutant in the unligated state and a preliminary X-ray diffraction study at 37 K
著者: Motoyama, T. / Nakasako, M. / Yamaguchi, I.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Cryogenic X-ray crystal structure analysis for the complex of scytalone dehydratase of a rice blast fungus and its tight-binding inhibitor, carpropamid: the structural basis of tight-binding inhibition
著者: Nakasako, M. / Motoyama, T. / Kurahashi, Y. / Yamaguchi, I.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: High-resolution structures of scytalone dehydratase-inhibitor complexes crystallized at physiological pH
著者: Wawrzak, Z. / Sandalova, T. / Steffens, J.J. / Basarab, G.S. / Lundqvist, T. / Lindqvist, Y. / Jordan, D.B.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of scytalone dehydratase--a disease determinant of the rice pathogen, Magnaporthe grisea
著者: Lundqvist, T. / Rice, J. / Hodge, C.N. / Basarab, G.S. / Pierce, J. / Lindqvist, Y.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure-based design of potent inhibitors of scytalone dehydratase: displacement of a water molecule from the active site
著者: Chen, J.M. / Xu, S.L. / Wawrzak, Z. / Basarab, G.S. / Jordan, D.B.
#5: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1998
タイトル: cDNA cloning, expression, and mutagenesis of scytalone dehydratase needed for pathogenicity of the rice blast fungus, Pyricularia oryzae
著者: Motoyama, T. / Imanishi, K. / Yamaguchi, I.
履歴
登録2001年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCYTALONE DEHYDRATASE
B: SCYTALONE DEHYDRATASE
C: SCYTALONE DEHYDRATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6143
ポリマ－60,6143
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.64, 61.31, 72.62
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SCYTALONE DEHYDRATASE


分子量: 20204.807 Da / 分子数: 3 / 変異: F162A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56221, scytalone dehydratase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
230 %(w/v)PEG40001reservoir
30.2 Msodium acetate1reservoir
40.1 MTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1371
21121
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.71
シンクロトロンSPring-8 BL44B220.7
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2000年12月16日K-B MIRROR
MARRESEARCH2CCD2000年2月12日CYLINDRICAL BENT MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SISINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.711
20.71
反射解像度: 1.45→100 Å / Num. all: 355404 / Num. obs: 96126 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 98206 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 365877
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2STD

2std


解像度: 1.45→8 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 -9.7 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-92461 10 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 0 0 3692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.595
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.818
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.52 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1077 -
Rwork0.257 10507 -
obs-9430 93.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.818

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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