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- PDB-5eur: Hypothetical protein SF216 from shigella flexneri 5a M90T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eur
タイトルHypothetical protein SF216 from shigella flexneri 5a M90T
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Shigella flexneri / Structural genomics / Glutathione S-transferase / Putative hot spot
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Lee, Y.-S. / Seok, S.-H. / Kim, H.-N. / An, J.-G. / Chung, K.Y. / Won, H.-S. / Seo, M.-D.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea2012R1A1A1039738 韓国
National Research Foundation of Korea2014R1A1A2054691 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SF216 from Shigella flexneri strain 5a
著者: Lee, Y.-S. / Seok, S.-H. / Kim, H.-N. / An, J.-G. / Chung, K.Y. / Won, H.-S. / Seo, M.-D.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8505
ポリマ－45,7303
非ポリマー1202
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.399, 50.411, 99.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-292-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / SF216


分子量: 15243.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 5a str. M90T (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: SF5M90T_216 / プラスミド: pET21a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: A0A0F6M9P9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % / 解説: hexahedron in shape, with two trapezoidal faces
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium HEPES, 2 M ammonium sulfate, 2% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 44562 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 19.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.698→24.478 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2016 4.52 %
Rwork0.2046 --
obs0.2062 44556 95.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→24.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 6 279 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9073612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.71637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6975-1.740.23931220.21322858X-RAY DIFFRACTION89
1.74-1.7870.20571450.19663053X-RAY DIFFRACTION96
1.787-1.83960.22521380.1872960X-RAY DIFFRACTION95
1.8396-1.89890.19861500.17982996X-RAY DIFFRACTION94
1.8989-1.96680.23041350.19382963X-RAY DIFFRACTION93
1.9668-2.04550.23081420.19632956X-RAY DIFFRACTION93
2.0455-2.13850.24251490.18492955X-RAY DIFFRACTION93
2.1385-2.25120.22931400.18862977X-RAY DIFFRACTION94
2.2512-2.39210.2361440.2052997X-RAY DIFFRACTION93
2.3921-2.57660.21191400.20413066X-RAY DIFFRACTION96
2.5766-2.83560.21641490.20793128X-RAY DIFFRACTION98
2.8356-3.24510.24891540.20723180X-RAY DIFFRACTION100
3.2451-4.08540.25631510.19813218X-RAY DIFFRACTION100
4.0854-24.48040.26941570.23073233X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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