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- PDB-1idj: PECTIN LYASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idj
タイトルPECTIN LYASE A
要素PECTIN LYASE A
キーワードLYASE / GLYCOPROTEIN / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


pectin lyase / pectin lyase activity / pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / 分子置換, 単一同系置換, INTERCRYSTAL AVERAGING / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mayans, O. / Scott, M. / Connerton, I. / Gravesen, T. / Benen, J. / Visser, J. / Pickersgill, R. / Jenkins, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Two crystal structures of pectin lyase A from Aspergillus reveal a pH driven conformational change and striking divergence in the substrate-binding clefts of pectin and pectate lyases.
著者: Mayans, O. / Scott, M. / Connerton, I. / Gravesen, T. / Benen, J. / Visser, J. / Pickersgill, R. / Jenkins, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Pectin Lyase a from Aspergillus Niger
著者: Jenkins, J. / Scott, M. / Mayans, O. / Pickersgill, R. / Harris, G. / Connerton, I. / Gravesen, T.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: The Structure of Bacillus Subtilis Pectate Lyase in Complex with Calcium
著者: Pickersgill, R. / Jenkins, J. / Harris, G. / Nasser, W. / Robert-Baudouy, J.
履歴
登録1996年10月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PECTIN LYASE A
B: PECTIN LYASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9182
ポリマ－75,9182
非ポリマー00
水4,630257
1
A: PECTIN LYASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9591
ポリマ－37,9591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PECTIN LYASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9591
ポリマ－37,9591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.900, 52.400, 76.300
Angle α, β, γ (deg.)78.60, 90.10, 104.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, 0.000987, 8.5E-5), (0.000986, -0.999973, 0.007283), (9.2E-5, -0.007283, -0.999974)
ベクター: 10.7262, 99.68973, 109.03496)

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要素

#1: タンパク質 PECTIN LYASE A


分子量: 37959.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SECRETED PROTEIN / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: N400 / 参照: UniProt: Q01172, pectin lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GLYCOSYLATION SITES SUGGESTED BY ELECTRON DENSITY: N109, T68 SACCHARIDES ARE NOT INCLUDED IN THE ...GLYCOSYLATION SITES SUGGESTED BY ELECTRON DENSITY: N109, T68 SACCHARIDES ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL OR IN THE STATISTICS PRESENTED IN THIS ENTRY.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 28% PEG 6000, 0.1 M NA-CACODYLATE AT PH 6.5, 0.2 M NA-ACETATE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Jenkins, J., (1996) Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 402.
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120.4 mg/mlprotein1drop
29.3 %PEG40001drop
333 mMsodium acetate1drop
428 %PEG40001reservoir
5100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.3 Å / Num. obs: 23191 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.64 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 48.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 44141
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単一同系置換, INTERCRYSTAL AVERAGING
開始モデル: PARTIALLY REFINED MODEL FROM PECTIN LYASE A P212121 (1IDK)

1idk


解像度: 2.4→33.3 Å / 交差検証法: FREE R + SECOND CRYSTAL FORM / σ(F): 0
詳細: OVERALL ANISOTROPIC SCALING, BULK SOLVENT CORRECTION, RESTRAINED NCS AND RESTRAINED ISOTROPIC INDIVIDUAL TEMPERATURE FACTOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1196 5 %FREERFLAG (CCP4)
Rwork0.16 ---
obs0.16 23191 84.25 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.218 Å20.546 Å20.635 Å2
2---0.136 Å24.453 Å2
3---3.3552 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 0 257 2928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.373
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.119
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.622
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRICTED NCS / Rms dev Biso : 0.296 Å2 / Rms dev position: 0.0087 Å / Weight Biso : 0.2 / Weight position: 500
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.64 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 173 2.5 %
Rwork0.267 3173 -
obs--48.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.33
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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