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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1id9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE HYBRID RNA/DNA R-GCUUCGGC-D[F]U IN PRESENCE OF RH(NH3)6+++ | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | DNA/RNA / RNA/DNA HYBRID / FLUORO URACIL / RHODIUM(III) HEXAMMINE / C-U MISMATCH / G-U mismatch / DNA-RNA COMPLEX | 機能・相同性 | RHODIUM HEXAMINE ION / DNA/RNA hybrid | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Cruse, W. / Saludjian, P. / Neuman, A. / Prange, T. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Destabilizing effect of a fluorouracil extra base in a hybrid RNA duplex compared with bromo and chloro analogues. 著者: Cruse, W. / Saludjian, P. / Neuman, A. / Prange, T. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Structure of a Mispaired RNA Double Helix at 1.6 A Resolution and Implications for the Prediction of RNA Secondary Structure 著者: Cruse, W. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1id9.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1id9.ent.gz | 14.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1id9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1id9_validation.pdf.gz | 336.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1id9_full_validation.pdf.gz | 341.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1id9_validation.xml.gz | 2.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1id9_validation.cif.gz | 3.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1id9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1id9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2826.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phosphoramidite method #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Cacodylate, MPD, rhodium(iii) hexammine, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.967 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月8日 / 詳細: Si(111) |
放射 | モノクロメーター: curvated Si(111) mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.967 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→11 Å / Num. all: 4425 / Num. obs: 4339 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 786 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 11 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 9 % / Num. measured all: 38535 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 165D 解像度: 1.6→11 Å Isotropic thermal model: Isotropic, the rhodium atoms were anisotropically refined 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 立体化学のターゲット値: personal dictionary from small molecules 詳細: Last fluoro-uracil (chain B) refined as a two-position disorder
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 11 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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