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- PDB-1id2: CRYSTAL STRUCTURE OF AMICYANIN FROM PARACOCCUS VERSUTUS (THIOBACI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1id2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AMICYANIN FROM PARACOCCUS VERSUTUS (THIOBACILLUS VERSUTUS)
要素AMICYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / Beta Barrel / type-1 blue copper protein / electron transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins ...Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Amicyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus versutus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Romero, A. / Nar, H. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure analysis and refinement at 2.15 A resolution of amicyanin, a type I blue copper protein, from Thiobacillus versutus.
著者: Romero, A. / Nar, H. / Huber, R. / Messerschmidt, A. / Kalverda, A.P. / Canters, G.W. / Durley, R. / Mathews, F.S.
履歴
登録2001年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMICYANIN
B: AMICYANIN
C: AMICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3016
ポリマ－35,1103
非ポリマー1913
水2,198122
1
A: AMICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7672
ポリマ－11,7031
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AMICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7672
ポリマ－11,7031
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AMICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7672
ポリマ－11,7031
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.400, 87.400, 38.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The three independent molecules of amicyanin are arranged as columns around 3(2) axes centered at (0, 0) molecule C, (1/3, 2/3) molecule B and (2/3, 1/3) molecule A. The following transformation relate molecule A to B. (-0.975 -0.205 0.081) 49.109 (-0.208 0.977 -0.044) 33.553 (-0.070 -0.060 -0.996) -13.650 A to C: (0.240 -0.970 0.033) 14.988 (-0.969 -0.238 0.052) 49.233 -0.043 -0.044 -0.998) -16.988 C to B: (-0.034 0.999 -0.028) -0.062 (-0.999 -0.034 0.012) 50.335 (0.011 0.028 0.999) 1.745

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要素

#1: タンパク質 AMICYANIN


分子量: 11703.384 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus versutus (バクテリア)
遺伝子: MAUC OR AMI / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P22365
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Reservoir: 2.05 M ammonium sulfate, 0.1 M Na, K phosphate; hanging drop: 5 microliter protein solution (6 mg/ ml) plus 4 microliter 10% (v/v) of MPD and 1.5 microliter 0.5% (v/v) beta-D- ...詳細: Reservoir: 2.05 M ammonium sulfate, 0.1 M Na, K phosphate; hanging drop: 5 microliter protein solution (6 mg/ ml) plus 4 microliter 10% (v/v) of MPD and 1.5 microliter 0.5% (v/v) beta-D-glucopyranoside, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
PH range low: 5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop5 micro litter
310 %(v/v)MPD1drop4 micro litter
40.5 %(v/v)NHG1drop1.5 micro litter
52.05 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MNa, K phosphate1reservoir
2reservoir solution1drop2.5 micro litter

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年1月21日 / 詳細: Ni-filter
放射モノクロメーター: Ni-Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→25 Å / Num. all: 92670 / Num. obs: 84144 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.079
反射 シェル解像度: 2.15→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 72.7
反射
*PLUS
Num. obs: 16083 / Num. measured all: 84144
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
タンパク質モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
タンパク質位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1AAN, these coordinates were supplied by the authors of this entry prior to their release

1aan


解像度: 2.15→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
all-17603 -
obs-15984 90.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 3 122 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rwork: 0.256
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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