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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1icx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN LLPR10.1A FROM YELLOW LUPINE | ||||||
要素 | PROTEIN LLR18A | ||||||
キーワード | ALLERGEN / 7-stranded beta sheet / C-terminal helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding ...cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine. 著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Structure Determination of Lupinus luteus PR10 Protein 著者: Biesiadka, J. / Sikorski, M.M. / Bujacz, G. / Jaskolski, M. #2: ジャーナル: Plant Sci. / 年: 1999 タイトル: Expression of Genes Encoding PR10 Class Pathogenesis-Related Proteins is Inhibited in Yellow Lupine Root Nodules 著者: Sikorski, M.M. / Biesiadka, J. / Kasperska, A.E. / Kopcinska, J. / Lotocka, B. / Golinowski, W. / Legocki, A.B. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: X-ray and NMR Structure of Bet v 1, the Origin of Birch Pollen Allergy 著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1icx.cif.gz | 43.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1icx.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1icx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/1icx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/1icx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16748.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ) プラスミド: PET3A-LLPR10.1A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52778 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulfate, TRIS, sucrose laureate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→19.35 Å / Num. obs: 9446 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.46 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 8.46 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 9.5 % / Num. measured all: 89375 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BTV 解像度: 1.95→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: RESIDUES ASP 60, GLN 133, LYS 135, PHE 136 REFINED AS ALANINES BECAUSE OF POOR SIDE-CHAIN ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.41 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.212 |