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- PDB-1ich: SOLUTION STRUCTURE OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 DEATH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ich
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 DEATH DOMAIN
要素TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1
キーワードAPOPTOSIS / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / positive regulation of lipid metabolic process / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of membrane lipid metabolic process / TNFs bind their physiological receptors ...positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / positive regulation of lipid metabolic process / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of membrane lipid metabolic process / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / TNF signaling / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR1-induced proapoptotic signaling / prostaglandin metabolic process / Interleukin-10 signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of execution phase of apoptosis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein localization to plasma membrane / cellular response to mechanical stimulus / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / signaling receptor activity / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / membrane raft / Golgi membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. ...Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Distance geometry, Simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Sukits, S.F. / Lin, L.-L. / Malakian, K. / Powers, R. / Xu, G.-Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the tumor necrosis factor receptor-1 death domain.
著者: Sukits, S.F. / Lin, L.L. / Hsu, S. / Malakian, K. / Powers, R. / Xu, G.Y.
履歴
登録2001年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8081
ポリマ－12,8081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-1 / TNF-1


分子量: 12807.777 Da / 分子数: 1 / 断片: DEATH DOMAIN / 変異: R347K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSET(T7) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE) PLYS / 参照: UniProt: P19438

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1314D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determinined using 3D triple-resonance experiments with the enhanced-sensitivity pulse field gradient approach.

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試料調製

詳細内容: 1 mM sample / 溶媒系: 10 mM Sodium acetate at pH 4.0, 10 mM DTT
試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR9.8Badger, J., Kumar, R.A., Yip, P.構造決定
NMRPipe1.8, 2000Delaglio, F.解析
PIPP4.2.2, 1998Garrett, D.データ解析
X-PLOR9.8Badger, J., Kumar, R.A., Yip, P.精密化
精密化手法: Distance geometry, Simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were based on a total of 1167 distance constraints from NOE and H-Bond, 117 dihedral angle constraints from 3D HNHA and TALOS program and 81 pairs of CA/CB chemical shift contraints.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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