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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ic1 | |||||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE FOR THE N-TERMINAL TWO DOMAINS OF ICAM-1 | |||||||||
![]() | INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / ICAM-1 / IMMUNOGLOBULIN FOLD / GLYCOPROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / Interleukin-10 signaling / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to glucose stimulus / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / virus receptor activity / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Casasnovas, J.M. / Stehle, T. / Liu, J.-H. / Wang, J.-H. / Springer, T.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A dimeric crystal structure for the N-terminal two domains of intercellular adhesion molecule-1. 著者: Casasnovas, J.M. / Stehle, T. / Liu, J.H. / Wang, J.H. / Springer, T.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.725335, -0.085912, -0.683014), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20919.848 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL 190 RESIDUE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P05362 #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 17% PEG 4000, NA CACODYLATE, PH 6.5, AND 100 MM B-OCTYL-GLUCOPYRANOSIDE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 13176 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 1ZXQ AND 1VSC 解像度: 3→15 Å / σ(F): 2 詳細: THE AVERAGE B FACTOR FOR CHAIN A IS LOWER THAN FOR CHAIN B. THE ELECTRON DENSITY IS NOT WELL DEFINED FOR RESIDUE THR 190 IN BOTH CHAINS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.282 |