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- PDB-1iaw: CRYSTAL STRUCTURE OF NAEI COMPLEXED WITH 17MER DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iaw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NAEI COMPLEXED WITH 17MER DNA
要素
  • 5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME NAEI
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Type II restriction enzyme NaeI / Restriction endonuclease NaeI / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle ...Type II restriction enzyme NaeI / Restriction endonuclease NaeI / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme NaeI
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huai, Q. / Colandene, J.D. / Topal, M.D. / Ke, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of NaeI-DNA complex reveals dual-mode DNA recognition and complete dimer rearrangement.
著者: Huai, Q. / Colandene, J.D. / Topal, M.D. / Ke, H.
履歴
登録2001年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME NAEI
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME NAEI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5896
ポリマ－91,5896
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.6, 65.0, 258.5
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*C)-3'


分子量: 5205.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 TYPE II RESTRICTION ENZYME NAEI


分子量: 35384.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: NAE I / プラスミド: PMALE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CAA1
参照: UniProt: P50187, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Na citrate, 0.2 M ammonium chloride, 10% MPD, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG335011
2sodium citrate11
3ammonium chloride11
4MPD11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器検出器: CCD / 日付: 2000年8月3日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→99 Å / Num. all: 32365 / Num. obs: 120725 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 36.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unligated NaeI

解像度: 2.4→99 Å / Isotropic thermal model: iostropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: defined by program CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 3060 -selected by program CNS
Rwork0.243 ---
all0.243 40302 --
obs-30706 76.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 1375 0 44 6195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0065

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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