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万見
- PDB-1iai: IDIOTYPE-ANTI-IDIOTYPE FAB COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iai
タイトルIDIOTYPE-ANTI-IDIOTYPE FAB COMPLEX
要素
  • (ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)) x 2
  • (IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY) x 2
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN IGG1/IGG2A) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN IGG1-IGG2A) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN IGG1-IGG2A) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ban, N. / Escobar, C. / Garcia, R. / Hasel, K. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of an idiotype-anti-idiotype Fab complex.
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Garcia, R. / Hasel, K. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of a Complex between an Fab of a Monoclonal Feline Peritonitis Virus Neutralizing Antibody and its Anti-Idiotype Fab
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
履歴
登録1993年12月28日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
H: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
M: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)
I: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8874
ポリマ－94,8874
非ポリマー00
水00
1
L: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
H: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
M: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)
I: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)

L: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
H: IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY
M: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)
I: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,7758
ポリマ－189,7758
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)187.582, 80.600, 75.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 141 / 2: CIS PROLINE - PRO H 155 / 3: CIS PROLINE - PRO M 8 / 4: CIS PROLINE - PRO M 96 / 5: CIS PROLINE - PRO M 142

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要素

#1: 抗体 IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY


分子量: 23834.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 10121892
#2: 抗体 IDIOTYPIC FAB 730.1.4 (IGG1) OF VIRUS NEUTRALIZING ANTIBODY


分子量: 23679.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)


分子量: 23560.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042224, UniProt: P01837*PLUS
#4: 抗体 ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A)


分子量: 23812.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042226
Has protein modificationY
配列の詳細FAB 730.1.4: LIGHT CHAIN VARIABLE REGION. SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERS KABAT RESIDUE NUMBERS 1 - 107 ...FAB 730.1.4: LIGHT CHAIN VARIABLE REGION. SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERS KABAT RESIDUE NUMBERS 1 - 107 1 - 107 HEAVY CHAIN VARIABLE REGION. SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERS KABAT RESIDUE NUMBERS 1 - 52 1 - 52 53 52A 54 - 83 53 - 82 84 - 86 82A- 82C 87 - 104 83 - 100 105 - 108 100H- 100K 109 - 121 101 - 113 FAB 409.5.3: LIGHT CHAIN VARIABLE REGION SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERS KABAT RESIDUE NUMBERS 1 - 27 1 - 27 28 27A 29 - 108 28 - 107 HEAVY CHAIN VARIABLE REGION SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERS KABAT RESIDUE NUMBERS 1 - 52 1 - 52 53 - 55 52A- 52C 56 - 85 53 - 82 86 - 88 82A- 82C 89 - 106 83 - 100 107 - 108 100A- 100B 109 - 121 101 - 113

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 57 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
245 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 23640 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. measured all: 89898 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Biso Wilson estimate: 13 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→40 Å / σ(I): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.21 --
obs0.21 21310 83 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6672 0 0 0 6672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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