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- PDB-1ia2: Candida albicans dihydrofolate reductase complexed with dihydro-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ia2
タイトルCandida albicans dihydrofolate reductase complexed with dihydro-nicotinamide-adenine-dinucleotide phosphate (NADPH) and 5-[(4-METHYLPHENYL)SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578)
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIFUNGAL TARGET / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-TQ4 / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Whitlow, M. / Howard, A.J. / Kuyper, L.F.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001
タイトル: X-ray Crystal Structures of Candida albicans Dihydrofolate Reductase: High Resolution Ternary Complexes in Which the Dihydronicotinamide Moiety of NADPH is Displaced by an inhibitor
著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. / Hardman, K.D. / Chan, J.H. / Baccanari, D.P. / Tansik, R.L. / Hong, J.S. / Kuyper, L.F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: X-ray Crystallographic Studies of Candida albicans Dihydrofolate Reductase. High resolution structures of the holoenzyme and an inhibited ternary complex.
著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. / Hardman, K.D. / Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Fling, M.E. / Tansik, R.L.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995
タイトル: Selective Inhibitors of Candida albicans Dihydrofolate Reductase: Activity and Selectivity of 5-(arylthio)-2,4-diaminoquinazolines
著者: Chan, J.H. / Hong, J.S. / Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Joyner, S.S. / Tansik, R.L. / Boytos, C.M. / Rudolph, S.K.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Characterization of Candida Albicans Dihydrofolate Reductase
著者: Baccanari, D.P. / Tansik, R.L. / Joyner, S.S. / Fling, M.E. / Smith, P.L. / Freisheim, J.H.
履歴
登録2001年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 99HET GROUPS NDP 193, TQ4 194, AND MES 201 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A. HET GROUPS NDP 195, ...HET GROUPS NDP 193, TQ4 194, AND MES 201 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A. HET GROUPS NDP 195, TQ4 196, AND MES 202 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN B.
Remark 600 HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (IC50) FOR 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE ... HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (IC50) FOR 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578) IS 23 NANOMOLAR USING THE FOLLOWING ASSAY (SEE REFERENCE 0 & 3). C. ALBICANS DHFR ASSAY WAS PERFORMED IN 0.1 M IMIDAZOLE CHLORIDE BUFFER, PH 6.4, WITH 12 MM MERCAPTOETHANOL, 60 MM NADPH AND 45 MM DIHYDROFOLIC ACID IN A FINAL VOLUME OF 1 ML AT 303K. IC50 IS THE CONCENTRATION OF INHIBITOR THAT DECREASES THE VELOCITY OF THE STANDARD ASSAY BY 50%. THE ENZYME (0.2 NM), NADPH, AND VARYING CONCENTRATIONS OF INHIBITOR WERE PREINCUBATED FOR 2 MIN AT 30-C, AND THE REACTION WAS INITIATED BY THE ADDITION OF DIHYDROFOLIC ACID. STEADY STATE VELOCITIES WERE MEASURED, AND IC50 VALUES WERE CALCULATED FROM A LINEAR REGRESSION PLOT OF THE PERCENTAGE INHIBITION VS THE LOGARITHM OF THE INHIBITOR CONCENTRATION. IC50 THE PRECISION OF THE DETERMINATION IS GENERALLY ABOUT A 30%.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
B: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8358
ポリマ－44,3892
非ポリマー2,4466
水5,999333
1
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4184
ポリマ－22,1951
非ポリマー1,2233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4184
ポリマ－22,1951
非ポリマー1,2233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.91, 67.28, 38.49
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Candida DHFR is active as a monomer.

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 22194.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: DFR1 / プラスミド: P1869 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22906, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TQ4 / 5-[(4-METHYLPHENYL)SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE / 5-(p-トリルチオ)キナゾリン-2,4-ジアミン


分子量: 282.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N4S
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NADPH), 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578), PEG-3350, POTASSIUM 4-MORPHILINEETHANESULFONIC ACID (MES), ...詳細: DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NADPH), 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578), PEG-3350, POTASSIUM 4-MORPHILINEETHANESULFONIC ACID (MES), DITHIOTHREITOL (DTT). A THREE-FOLD EXCESS OF GW578 AND THREE-FOLD EXCESS OF NADPH WAS ADDED TO THE C. ALBICANS DHFR SOLUTION AND LET STAND 277K OVERNIGHT. 17-20 MG/ML C. ALBICANS DHFR IN 50 UM GW578, 50 UM NADPH, 20 MM KMES, 1 MM DTT, PH 6.5 WAS MIXED WITH AN EQUAL PART OF 26 - 34% PEG-3350, THE RESERVOIR SOLUTION. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117-20 mg/mlprotein1drop
250 mmKMES1drop
31 mmNADPH1drop
41 mMdithiothreitol1drop
526-34 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年2月22日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Huber graphite monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.76 Å / Num. all: 137080 / Num. obs: 35749 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0761 / Rsym value: 0.0761 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.2983 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique all: 4426 / Rsym value: 0.2983 / % possible all: 69.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータ削減
FRODOモデル構築
PROFFT精密化
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: DIRECT REPLACEMENT
開始モデル: CANDIDA ALBICANS DHFR (PDB ENTRY 1AI9)

1ai9


解像度: 1.82→10 Å
Isotropic thermal model: Konnert, J.H. & Hendrickson, W.A. (1980) Acta Crystallogr. A A36, 344.
σ(F): 2 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Hendrickson, W.A. (1985) Methods Enzymol. 115, 252-270.
詳細: Restrain least-squares procedure.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.16 --
all0.16 35749 -
obs0.16 31067 93.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 160 348 3693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4.2151
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.6822
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.5222.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.4865
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2470.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1660.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1480.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1330.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.66
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.610
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.610
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor6
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.82-1.930.173X-RAY DIFFRACTION3775
1.93-2.10.161X-RAY DIFFRACTION5456
2.1-2.30.157X-RAY DIFFRACTION5023
2.3-2.640.165X-RAY DIFFRACTION5638
2.64-3.30.16X-RAY DIFFRACTION5546
3.3-100.157X-RAY DIFFRACTION5629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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