PDB-1i9f: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE COMPLEX OF THE REV RESPONSE EL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i9f

タイトル

STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE COMPLEX OF THE REV RESPONSE ELEMENT RNA WITH A SELECTED PEPTIDE

要素

REV RESPONSE ELEMENT RNA
RSG-1.2 PEPTIDE

キーワード

DE-NOVO PROTEIN/RNA / peptide-RNA complex / RNA recognition / selected peptide / solution structure / DE-NOVO PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR

データ登録者

Zhang, Q. / Harada, K. / Cho, H.S. / Frankel, A. / Wemmer, D.E.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural characterization of the complex of the Rev response element RNA with a selected peptide.
著者: Zhang, Q. / Harada, K. / Cho, H.S. / Frankel, A.D. / Wemmer, D.E.

履歴

登録	2001年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i9f.cif.gz	201.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i9f.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1uzq-d 2l7e-d 1uzk-d 4gzr-1 6pln-2 3ogi-2 1uzp-d 5s8j-d 2620 2esh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
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#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: REV RESPONSE ELEMENT RNA

B: RSG-1.2 PEPTIDE

13.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	7 / 20
代表モデル		fewest violations, lowest energy

#1: RNA鎖	REV RESPONSE ELEMENT RNA / RRE / HIV-1 RRE RNA 分子量: 11039.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: sequence naturally occurs in HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1, strain DH5a
#2: タンパク質・ペプチド	RSG-1.2 PEPTIDE 分子量: 2145.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 19-MER PEPTIDE

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	DQF-COSY
1	5	1	HNCA-J

-
試料調製

詳細	内容: 1.6 mM RNA/peptide 溶媒系: 90% H2O/10% D2O, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, pH 6.5
試料状態	イオン強度: 20mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
500	1
600	2

-
解析

NMR software

名称	分類
XEASY	データ解析
Felix	データ解析

代表構造

選択基準: fewest violations, lowest energy

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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