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万見
- PDB-1i9e: TCR DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9e
タイトルTCR DOMAIN
要素CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig-like domain / T Cell receptor (T細胞受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / 獲得免疫系
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor alpha chain V region PHDS58
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Huang, M. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an isolated V(alpha) domain of the 2C T-cell receptor.
著者: Rudolph, M.G. / Huang, M. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2001年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9962
ポリマ－12,7741
非ポリマー2211
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.032, 104.032, 63.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIC TCELL VALPHA DOMAIN / 2C TCR VALPHA DOMAIN


分子量: 12774.330 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN OF ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SC2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01738
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: di-sodium tartrate, NaCl, imidazole/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.100 mMprotein1drop
21 MNa2-tartrate1reservoir
30.2 M1reservoirNaCl
40.1 Mimidazole-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.783 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.5 Å / Num. obs: 6370 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 306 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 6260
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Valpha domain of 2C TCR (PDB entry 1tcr) residues 1-115

1tcr


解像度: 2.5→37.5 Å / SU B: 12.635 / SU ML: 0.288 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT AND HAVE NOT BEEN OUTPUT AS COORDINATES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23279 642 10.8 %RANDOM
Rwork0.20305 ---
obs0.20632 5298 95.51 %-
all-6260 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 14 44 963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.680.608
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.1771.177
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.5552.144
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0143.694
LS精密化 シェル最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.2
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 97.465 Å / Origin y: 68.107 Å / Origin z: 31.935 Å
111213212223313233
T0.0929 Å20.0129 Å20.0384 Å2-0.006 Å2-0.0191 Å2--0.1598 Å2
L2.903 °2-0.9715 °21.4798 °2-3.9899 °2-2.961 °2--5.0222 °2
S0.0243 Å °0.265 Å °-0.0941 Å °-0.3343 Å °0.0912 Å °-0.0094 Å °0.0506 Å °0.0123 Å °-0.1155 Å °
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.8 % / Rfactor all: 0.20632 / Rfactor obs: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.62.144
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.68
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.57 Å / Rfactor Rfree: 0.339 / Rfactor obs: 0.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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