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万見
- PDB-1i97: CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i97
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT FROM THERMUS THERMOPHILUS IN COMPLEX WITH TETRACYCLINE
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S RRNA
キーワードRIBOSOME / 30S ribosome / antibiotics / tetracycline
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S10p/S20e / S4 RNA-binding domain / Ribosomal S11, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRACYCLINE / OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE / : / : / : / : / : / : / : / : ...TETRACYCLINE / OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Pioletti, M. / Schluenzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluehmann, M. / Avila, H. / Bartels, H. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
著者: Pioletti, M. / Schlunzen, F. / Harms, J. / Zarivach, R. / Gluhmann, M. / Avila, H. / Bashan, A. / Bartels, H. / Auerbach, T. / Jacobi, C. / Hartsch, T. / Yonath, A. / Franceschi, F.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structure of Functionally Activated Small Ribosomal Subunit at 3.3 A Resolution
著者: Schluenzen, F. / Tocilj, A. / Zarivach, R. / Harms, J. / Gluehmann, M. / Janell, D. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A.
履歴
登録2001年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RRNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
U: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)844,524118
ポリマ－778,82121
非ポリマー65,70397
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)406.900, 406.900, 175.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 16S RRNA


分子量: 491510.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29186.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 13446664, UniProt: P80371*PLUS
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26619.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 13446666, UniProt: P80372*PLUS
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17452.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15886.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 13446668, UniProt: P80374*PLUS
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11823.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13606.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14506.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 12056104, UniProt: Q5SJH3*PLUS
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12144.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24321, UniProt: P0DOY7*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10113.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10474.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11604.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 11125387, UniProt: Q5SIH3*PLUS

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非ポリマー , 4種, 97分子

#22: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#23: 化合物
ChemComp-WO2 / OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE


分子量: 4363.030 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: O62P2W18
#24: 化合物
ChemComp-TAC / TETRACYCLINE


分子量: 444.435 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#25: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: MPD, magnesium chloride, spermidine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MgCl211
3spermidine11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: or 19 degrees centigrade
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-IDSol-ID
21
31
41
11reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) double crystal monochromator, Si(222)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→35 Å / Num. all: 79036 / Num. obs: 79036 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 4.5→35 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: none
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.254 7900 RANDOM
Rwork0.223 --
all0.226 79036 -
obs0.226 79036 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 32534 1417 0 36361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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