PDB-1i8y: SEMI-AUTOMATIC STRUCTURE DETERMINATION OF THE CG1 3-30 PEPTIDE BA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i8y

タイトル

SEMI-AUTOMATIC STRUCTURE DETERMINATION OF THE CG1 3-30 PEPTIDE BASED ON ARIA

要素

GRANULIN-1

キーワード

CYTOKINE / Beta-hairpin stack

機能・相同性

Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / cytokine activity / regulation of inflammatory response / extracellular space / Granulin-1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Semi-automated calculation based on a set of ARIA runs.

データ登録者

Vranken, W.F. / James, S. / Bennett, H.P.J. / Ni, F.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Solution structures of a 30-residue amino-terminal domain of the carp granulin-1 protein and its amino-terminally truncated 3-30 subfragment: implications for the conformational ...
著者: Vranken, W.F. / James, S. / Bennett, H.P. / Ni, F.

履歴

登録	2001年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i8y.cif.gz	78.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i8y.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i8y_validation.pdf.gz	334.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i8y_full_validation.pdf.gz	393.4 KB	表示
XML形式データ	1i8y_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	1i8y_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i8xC 1qgm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i8x-d 7jiy-d 1b1v-d 1qgm-d 2n3p-d 2nle-2 1du9-d 1xf7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 49714871 is NMR data for this molecule

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GRANULIN-1

2.98 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	GRANULIN-1 分子量: 2983.312 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINUS (RESIDUES 3-30) / 変異: C15S, C25S / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED by SOlid phase synthesis. The SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN CYPRINUS CARPIO (CARP). 参照: UniProt: P81013

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Acetate buffer	90% H2O/10% D2O
2	Acetate buffer	100% D2O

試料状態

イオン強度: 0.02 / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	Bruker	解析
ARIA	1	Linge	精密化
NMRView	3	Johnson, B.	データ解析

精密化

手法: Semi-automated calculation based on a set of ARIA runs.
ソフトェア番号: 1
詳細: No NOE peaks were manually assigned - calculation is based on initial NOE peak lists and chemical shift assignments combined with ambiguous restraints used in ARIA.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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