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- PDB-1i7j: CRYSTAL STRUCTURE OF 2'-O-ME(CGCGCG)2: AN RNA DUPLEX AT 1.19 A RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 2'-O-ME(CGCGCG)2: AN RNA DUPLEX AT 1.19 A RESOLUTION. 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL AND MAGNESIUM BINDING.
要素5'-R(*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG))-3'
キーワードRNA / 2'-O-MeRNA duplex / 2-methyl-2 / 4-pentanediol / magnesium / groove hydration and binding
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Adamiak, D.A. / Rypniewski, W.R. / Milecki, J. / Adamiak, R.W.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: The 1.19 A X-ray structure of 2'-O-Me(CGCGCG)(2) duplex shows dehydrated RNA with 2-methyl-2,4-pentanediol in the minor groove.
著者: Adamiak, D.A. / Rypniewski, W.R. / Milecki, J. / Adamiak, R.W.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1997
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF 2'-O-ME(CGCGCG)2: AN RNA DUPLEX AT 1.3 A RESOLUTION. HYDRATION PATTERN OF 2'-O-METHYLATED RNA
著者: Adamiak, D.A. / Milecki, J. / Popenda, W. / Adamiak, R.W. / Dauter, A. / Rypniewski, W.R.
履歴
登録2001年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG))-3'
B: 5'-R(*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG))-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3399
ポリマ－3,9812
非ポリマー3587
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.805, 24.805, 77.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

21B-215-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG)P*(OMC)P*(OMG))-3'


分子量: 1990.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15 mM MgCl2, 1 mM spermine tetrahydrochloride and 30-40% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2spermine tetrahydrochloride11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlRNA1drop
250 mMHEPES1reservoir
315 mM1reservoirMgCl2
41 mMspermine tetrahydrochloride1reservoir
530-40 %(R,S)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月3日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→20 Å / Num. obs: 8715 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.19→1.21 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 415 / % possible all: 94
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 8715 / Num. measured all: 150605
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 310D

310d


解像度: 1.19→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CCP4
Rfactor反射数%反射
Rwork0.155 --
all0.155 8715 -
obs0.155 8715 95.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 376 53 81 510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.047
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.21 Å /
Rfactor%反射
Rwork0.155 -
obs-95.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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