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- PDB-1i7a: EVH1 DOMAIN FROM MURINE HOMER 2B/VESL 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7a
タイトルEVH1 DOMAIN FROM MURINE HOMER 2B/VESL 2
要素
  • HOMER 2B
  • PHE-ALA-PHE
キーワードSIGNALING PROTEIN / EVH1 domain / Homer / Vesl / X-ray crystal structure / brain
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / intracellular organelle / synaptic receptor adaptor activity / stereocilium tip / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / behavioral response to cocaine ...G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / intracellular organelle / synaptic receptor adaptor activity / stereocilium tip / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / behavioral response to cocaine / sensory perception of sound / calcium-mediated signaling / apical part of cell / actin binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHENYLALANINE / Homer protein homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Barzik, M. / Carl, U.D. / Schubert, W.-D. / Wehland, J. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The N-terminal domain of Homer/Vesl is a new class II EVH1 domain.
著者: Barzik, M. / Carl, U.D. / Schubert, W.D. / Frank, R. / Wehland, J. / Heinz, D.W.
履歴
登録2001年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMER 2B
B: HOMER 2B
C: HOMER 2B
D: HOMER 2B
E: PHE-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,56210
ポリマ－50,6885
非ポリマー8745
水1,910106
1
A: HOMER 2B
E: PHE-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3144
ポリマ－12,9602
非ポリマー3542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HOMER 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9303
ポリマ－12,5761
非ポリマー3542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HOMER 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5761
ポリマ－12,5761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HOMER 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7412
ポリマ－12,5761
非ポリマー1651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: HOMER 2B
ヘテロ分子

B: HOMER 2B
E: PHE-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0556
ポリマ－25,5363
非ポリマー5193
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
6
A: HOMER 2B
ヘテロ分子

C: HOMER 2B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5074
ポリマ－25,1522
非ポリマー3542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area2610 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
7
C: HOMER 2B

A: HOMER 2B
E: PHE-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8905
ポリマ－25,5363
非ポリマー3542
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
8
B: HOMER 2B
ヘテロ分子

D: HOMER 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6725
ポリマ－25,1522
非ポリマー5193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area2650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
9
E: PHE-ALA-PHE


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 383 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3831
ポリマ－3831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
B: HOMER 2B
E: PHE-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3144
ポリマ－12,9602
非ポリマー3542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
11
A: HOMER 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9303
ポリマ－12,5761
非ポリマー3542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.716, 50.014, 73.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HOMER 2B / HOMER 2B/VESL 2


分子量: 12576.193 Da / 分子数: 4 / 断片: EVH1 DOMAIN (N-TERMINAL) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON + / 参照: UniProt: Q9QWW1
#2: タンパク質・ペプチド PHE-ALA-PHE


分子量: 383.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M SODIUM CITRATE, O.1 M CHES, pH 9.8, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55.3 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.6 Mammonium sulfate11
20.1 MHEPES11
310 mMNAD11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 59066 / Num. obs: 22446 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2060 / % possible all: 88.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28

-
解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
CNS精密化
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DDW (SAME MOLECULE IN DIFFERENT PACKING DERIVED FROM HOMER 1B FROM RAT

1ddw


解像度: 2.24→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 3 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The crystal had a particularly high mosaicity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 961 4.9 %random
Rwork0.235 ---
all-23487 --
obs-19460 85.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å21.19 Å20.23 Å2
2--0 Å2-0.89 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3347 0 60 108 3515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.186
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.068
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.24 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 26 -
Rwork0.25 --
obs-705 83.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS/REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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