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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i78 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF OUTER MEMBRANE PROTEASE OMPT FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | PROTEASE VII | ||||||
キーワード | HYDROLASE / integral outer membrane protein / protease / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 omptin / : / cell outer membrane / endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Vandeputte-Rutten, L. / Kramer, R.A. / Kroon, J. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Gros, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the outer membrane protease OmpT from Escherichia coli suggests a novel catalytic site. 著者: Vandeputte-Rutten, L. / Kramer, R.A. / Kroon, J. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Gros, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i78.cif.gz | 126.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i78.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i78.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i78_validation.pdf.gz | 938.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i78_full_validation.pdf.gz | 963.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i78_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i78_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/1i78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/1i78 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | OmpT is active as a monomer. The assymetric unit contains two monomers. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33495.594 Da / 分子数: 2 / 変異: S99A,G216K,K217G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: OMPT / プラスミド: PRAK11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09169, EC: 3.4.21.87 #2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.3 M sodium citrate PH 5.5, 1% (w/v) octyl-beta-D-glucopyranoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9322 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月9日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 29075 / Num. obs: 27400 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.59 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 1.57 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2766 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 43471 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.69 Å / % possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 2766 / Num. measured obs: 4352 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.238 / Rfactor Rfree: 0.28 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.318 |