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万見
- PDB-1i6z: BAG DOMAIN OF BAG1 COCHAPERONE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6z
タイトルBAG DOMAIN OF BAG1 COCHAPERONE
要素BAG-FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR-1
キーワードCHAPERONE / triple helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein localization to mitochondrion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / phosphoprotein binding / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / apoptotic process ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / protein localization to mitochondrion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / phosphoprotein binding / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...BAG domain / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Briknarova, K. / Takayama, S. / Brive, L. / Havert, M.L. / Knee, D.A. / Velasco, J. / Homma, S. / Cabezas, E. / Stuart, J. / Hoyt, D.W. ...Briknarova, K. / Takayama, S. / Brive, L. / Havert, M.L. / Knee, D.A. / Velasco, J. / Homma, S. / Cabezas, E. / Stuart, J. / Hoyt, D.W. / Satterthwait, A.C. / Llinas, M. / Reed, J.C. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural analysis of BAG1 cochaperone and its interactions with Hsc70 heat shock protein.
著者: Briknarova, K. / Takayama, S. / Brive, L. / Havert, M.L. / Knee, D.A. / Velasco, J. / Homma, S. / Cabezas, E. / Stuart, J. / Hoyt, D.W. / Satterthwait, A.C. / Llinas, M. / Reed, J.C. / Ely, K.R.
履歴
登録2001年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG-FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5151
ポリマ－15,5151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 25all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 BAG-FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR-1 / BCL-2 BINDING ATHANOGENE-1 / BAG-1


分子量: 15514.893 Da / 分子数: 1 / 断片: BAG DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BAG1 / プラスミド: PGEX-3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60739

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1234D 13C-separated NOESY
1344D 15N-separated NOESY
1423D 13C/15N-separated NOESY
152CBCA(CO)NH
162HN(CA)CB
172C(CO)NH
182H(CCO)NH
192(H)CCH-TOCSY
1102HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM BAG1 U-15N; 10mM potassium phosphate buffer, pH 7.2; 25mM KCl; 1mM EDTA; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90%H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
22mM BAG1 U-15N,13C; 10mM potassium phosphate buffer, pH 7.2; 25mM KCl; 1mM EDTA; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90%H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
32mM BAG1 U-15N,13C; 10mM potassium phosphate buffer, pH 7.2; 25mM KCl; 1mM EDTA; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 100%D2O100% D2O
42mM BAG1 U-15N,2H; 10mM potassium phosphate buffer, pH 7.2; 25mM KCl; 1mM EDTA; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90%H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10mM potassium phosphate, 25mM KCl / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Varian UNITYVarianUNITY5002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
Felix98Molecular Simulations, Inc.解析
Felix98Molecular Simulations, Inc.データ解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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