PDB-1i6y: NMR ENSEMBLE OF ION-SELECTIVE LIGAND A1 FOR PLATELET INTEGRIN ALP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i6y

タイトル

NMR ENSEMBLE OF ION-SELECTIVE LIGAND A1 FOR PLATELET INTEGRIN ALPHAIIB-BETA3

要素

ION-SELECTIVE LIGAND A1

キーワード

CELL ADHESION / integrin / RGD

手法

溶液NMR / restrained molecular dynamics, chemical shift refinement.

データ登録者

Smith, J.W. / Le Calvez, H. / Parra-Gessert, L. / Preece, N.E. / Jia, X. / Assa-Munt, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Selection and structure of ion-selective ligands for platelet integrin alpha IIb(beta) 3.
著者: Smith, J.W. / Le Calvez, H. / Parra-Gessert, L. / Preece, N.E. / Jia, X. / Assa-Munt, N.

履歴

登録	2001年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i6y.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i6y.ent.gz	37 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i6y_validation.pdf.gz	339.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i6y_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	1i6y_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	1i6y_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i8eC 1i93C 1i98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1im1-1 1im1-d 2bao-d 2ifi-d 2bau-d 5wrx-d 2igz-d 2kh4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ION-SELECTIVE LIGAND A1

1.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	ION-SELECTIVE LIGAND A1 分子量: 1324.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized: Commercial solid phase with cyclization via selective disulphide oxidation.
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY & DQF-COSY
2	2	2
3	3	3
4	4	4

NMR実験の詳細

Text: These structures were determined using standard 2D homonuclear techniques (circa 2000).

-
試料調製

詳細	内容: 3mg/ml A1 / 溶媒系: 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 3mg/ml / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Varian Inc.	collection
Felix	2000	Hare, D.; Biosym; MSI	解析
X-PLOR	3.8.5.1	Brunger, A. & Nilges, M.	構造決定
X-PLOR	3.8.5.1 (Chem.Shift.Module)	Kuszweski, J. & Clore, G.M.	精密化

精密化

手法: restrained molecular dynamics, chemical shift refinement.
ソフトェア番号: 1
詳細: Ensemble A1 is based on a total of 117 NOE-derived distance constraints, 10 dihedral angle restraints, 1 covalent -SS- bonds and 1 VRGD, i,i+3 hydrogen bonds respectively. Refinements ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)