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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i6y | ||||||
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タイトル | NMR ENSEMBLE OF ION-SELECTIVE LIGAND A1 FOR PLATELET INTEGRIN ALPHAIIB-BETA3 | ||||||
![]() | ION-SELECTIVE LIGAND A1 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / integrin / RGD | ||||||
手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics, chemical shift refinement. | ||||||
![]() | Smith, J.W. / Le Calvez, H. / Parra-Gessert, L. / Preece, N.E. / Jia, X. / Assa-Munt, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selection and structure of ion-selective ligands for platelet integrin alpha IIb(beta) 3. 著者: Smith, J.W. / Le Calvez, H. / Parra-Gessert, L. / Preece, N.E. / Jia, X. / Assa-Munt, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1324.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized: Commercial solid phase with cyclization via selective disulphide oxidation. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: These structures were determined using standard 2D homonuclear techniques (circa 2000). |
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試料調製
詳細 | 内容: 3mg/ml A1 / 溶媒系: 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 3mg/ml / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics, chemical shift refinement. ソフトェア番号: 1 詳細: Ensemble A1 is based on a total of 117 NOE-derived distance constraints, 10 dihedral angle restraints, 1 covalent -SS- bonds and 1 VRGD, i,i+3 hydrogen bonds respectively. Refinements ...詳細: Ensemble A1 is based on a total of 117 NOE-derived distance constraints, 10 dihedral angle restraints, 1 covalent -SS- bonds and 1 VRGD, i,i+3 hydrogen bonds respectively. Refinements incorporated alpha proton and alpha, beta carbon shifts of 7-11 residues. | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |