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- PDB-1i6d: SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6d
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE
要素CYTOCHROME C552
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C552 / HEME / REDOX STATES / ISOTOPE ENRICHMENT {13C/15N} / NMR SPECTROSCOPY / SOLUTION STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Reincke, B. / Perez, C. / Pristovsek, P. / Luecke, C. / Ludwig, C. / Loehr, F. / Rogov, V.V. / Ludwig, B. / Rueterjans, H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure and dynamics of the functional domain of Paracoccus denitrificans cytochrome c(552) in both redox states.
著者: Reincke, B. / Perez, C. / Pristovsek, P. / Lucke, C. / Ludwig, C. / Lohr, F. / Rogov, V.V. / Ludwig, B. / Ruterjans, H.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Solution Structure of the Functional Domain of Paracoccus Denitrificans Cytochrome C552 in the Reduced State
著者: Pristovsek, P. / Luecke, C. / Reincke, B. / Ludwig, B. / Rueterjans, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Soluble Domain of Cytochrome C552 from Paracoccus Denitrificans in the Oxidized and Reduced States
著者: Harrenga, A. / Reincke, B. / Rueterjans, H. / Ludwig, B. / Michel, H.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1999
タイトル: Heterologous Expression of Soluble Fragments of Cytochrome C552 Acting as Electron Donor to the Paracoccus Denitrificans Cytochrome C Oxidase
著者: Reincke, B. / Thoeny-Meyer, L. / Dannehl, C. / Odenwald, A. / Aidim, M. / Witt, H. / Rueterjans, H. / Ludwig, B.
履歴
登録2001年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1722
ポリマ－10,5541
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C552


分子量: 10553.977 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT THIOETHER LINKAGES FROM HEME COFACTOR TO BOTH CYS14 AND CYS17
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1235 / 解説: HETEROLOGOUS EXPRESSION / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: CYCM / プラスミド: PET22B+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P54820
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H TOCSY
1211H-1H NOESY
1311H-15N HSQC
1411H-15N TOCSY-HSQC
1511H-15N NOESY-HSQC
161HN(CA)CB
171CC(CO)NH-TOCSY
1811H-13C HSQC
1911H-13C NOESY-HSQC
1101(HCA)CO(CA)NH
NMR実験の詳細Text: THE EXPERIMENTS WERE PERFORMED WITH REDUCED UNLABELED, 15N-LABELED OR 13C-LABELED CYTOCHROME C552.

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試料調製

詳細内容: 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O
試料状態pH: 5.50 / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover97MSI精密化
DYANA1.5構造決定
Discover97構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ENERGY MINIMIZATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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