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万見
- PDB-1i6b: STRUCTURE OF EQUINE APOLACTOFERRIN AT 3.2 A RESOLUTION USING CRYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i6b
タイトルSTRUCTURE OF EQUINE APOLACTOFERRIN AT 3.2 A RESOLUTION USING CRYSTALS GROWN AT 303K
要素LACTOTRANSFERRIN
キーワードMETAL TRANSPORT / Lactoferrin / Equine / Apo / Transferrin / Crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis ...negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / serine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / early endosome / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II ...Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kumar, P. / Yadav, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of equine apolactoferrin at 303 K providing further evidence of closed conformations of N and C lobes.
著者: Kumar, P. / Khan, J.A. / Yadav, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2001年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE RESIDUES IN SEQADV HAD BEEN MODELLED BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAPS FOLLOWING THE ...SEQUENCE THE RESIDUES IN SEQADV HAD BEEN MODELLED BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAPS FOLLOWING THE REPEATED CYCLES OF REFINEMENT

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTOTRANSFERRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3711
ポリマ－75,3711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.490, 103.480, 112.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LACTOTRANSFERRIN / LACTOFERRIN


分子量: 75371.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: O77811
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 303 K / 手法: microdialysis / pH: 8 / 詳細: ethanol, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 303K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
170 mg/mlprotein11
20.025 MTris-HCl11pH8.0
319 %(v/v)ethanol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月16日 / 詳細: Pinhole
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 50127 / Num. obs: 13457 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 93.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.2→20 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique all: 13427 / Rsym value: 0.07 / % possible all: 84.2
反射
*PLUS
Num. obs: 15800 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 67331 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MARE DIFFERIC LACTOFERRIN COORDINATES

解像度: 3.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 671 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.231 50127 --
obs0.222 13184 84.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5281 0 0 0 5281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it10.851.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it16.812
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 22 3.3 %
Rwork0.367 638 -
obs-60 25.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPO-1.DAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 82.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.91
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it10.851.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it16.812
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.4 Å / Rfactor Rfree: 0.4 / % reflection Rfree: 3.3 % / Rfactor Rwork: 0.367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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