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- PDB-1i5n: Crystal structure of the P1 domain of CheA from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5n
タイトルCrystal structure of the P1 domain of CheA from Salmonella typhimurium
要素CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
キーワードTRANSFERASE / Four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CheY binding / CheY binding / HPT domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. ...CheY binding / CheY binding / HPT domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Mourey, L. / Da Re, S. / Pedelacq, J.-D. / Tolstyk, T. / Faurie, C. / Guillet, V. / Stock, J.B. / Samama, J.-P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the CheA histidine phosphotransfer domain that mediates response regulator phosphorylation in bacterial chemotaxis
著者: Mourey, L. / Da Re, S. / Pedelacq, J.-D. / Tolstykh, T. / Faurie, C. / Guillet, V. / Stock, J.B. / Samama, J.-P.
#1: ジャーナル: MICROBES INFECT. / 年: 2001
タイトル: The molecular puzzle of two-component signaling cascades
著者: Foussard, M. / Cabantous, S. / Pedelacq, J.-D. / Guillet, V. / Tranier, S. / Mourey, L. / Birck, C. / Samama, J.
履歴
登録2001年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
B: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
C: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
D: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7075
ポリマ－67,6114
非ポリマー961
水3,873215
1
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9992
ポリマ－16,9031
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9031
ポリマ－16,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9031
ポリマ－16,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9031
ポリマ－16,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.95, 88.72, 115.82
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer. There are four such monomers in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA


分子量: 16902.771 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-138 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: CHEA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09384, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: POLYETHYLENE GLYCOL 2000 MONOMETHYL ETHER, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1reservoir
325 mM1reservoirNaCl
43.5 mMEDTA1reservoir
515 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9802, 0.9300, 0.9805
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL FOCUSSING MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98021
20.931
30.98051
反射解像度: 2.14→35.3 Å / Num. all: 206627 / Num. obs: 31247 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 206627
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.14→35.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1548 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.212 31179 --
obs0.212 31179 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→35.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4024 0 5 215 4244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.52.5
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 245 5.3 %
Rwork0.257 4410 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 35.3 Å / Num. reflection obs: 29631 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.442
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.52.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.299 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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