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- PDB-1i5l: CRYSTAL STRUCTURE OF AN SM-LIKE PROTEIN (AF-SM1) FROM ARCHAEOGLOB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5l
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN SM-LIKE PROTEIN (AF-SM1) FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS COMPLEXED WITH SHORT POLY-U RNA
要素
  • 5'-R(*UP*UP*U)-3'
  • PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / SNRNP / SM / CORE SNRNP DOMAIN / RNA BINDING PROTEIN / SINGLE-STRANDED RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE / RNA / Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Toro, I. / Thore, S. / Mayer, C. / Basquin, J. / Seraphin, B. / Suck, D.
引用ジャーナル: EMBO J. / : 2001
タイトル: RNA binding in an Sm core domain: X-ray structure and functional analysis of an archaeal Sm protein complex.
著者: Toro, I. / Thore, S. / Mayer, C. / Basquin, J. / Seraphin, B. / Suck, D.
履歴
登録2001年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine / struct_biol / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: 5'-R(*UP*UP*U)-3'
Y: 5'-R(*UP*UP*U)-3'
A: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
B: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
C: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
D: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
E: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
F: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
G: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
H: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
I: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
J: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
K: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
L: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
M: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
N: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,20820
ポリマ-119,23116
非ポリマー9774
1,02757
1
U: 5'-R(*UP*UP*U)-3'
A: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
B: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
C: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
D: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
E: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
F: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
G: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,34811
ポリマ-59,6168
非ポリマー7333
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: 5'-R(*UP*UP*U)-3'
H: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
I: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
J: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
K: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
L: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
M: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
N: PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8609
ポリマ-59,6168
非ポリマー2441
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.858, 130.438, 70.047
Angle α, β, γ (deg.)90, 115.36, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細: The 14 monomers are organized in two ring-shaped heptamers.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*U)-3'


分子量: 873.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PUTATIVE SNRNP SM-LIKE PROTEIN AF-SM1 / AF-SM1


分子量: 8391.709 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF0875 / プラスミド: MODIFIED PET24D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29386
#3: 化合物
ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C9H12N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: PEG6000, sodium citrate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG600011
2sodium citrate11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
212 %PEG60001reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoirpH4.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→25 Å / Num. all: 28746 / Num. obs: 28746 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 82.323 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4203 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 70211 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I4K
解像度: 2.75→25 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1469 -random
Rwork0.225 ---
all0.229 28722 --
obs0.229 28722 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.87 Å20 Å219.2 Å2
2---17.03 Å20 Å2
3---9.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7797 114 68 57 8036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 242 -
Rwork0.392 --
obs--97.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 82.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.458 / Rfactor Rwork: 0.392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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