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- PDB-1i54: CYTOCHROME C (TUNA) 2FE:1ZN MIXED-METAL PORPHYRINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i54
タイトルCYTOCHROME C (TUNA) 2FE:1ZN MIXED-METAL PORPHYRINS
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c / zinc-porphyrin / mixed-metal
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Thunnus thynnus (クロマグロ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Crane, B.R. / Tezcan, F.A. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Electron tunneling in protein crystals.
著者: Tezcan, F.A. / Crane, B.R. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.
履歴
登録2001年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
Remark 600HETEROGEN The residue 1104 of HEM and residue 1105 of ZNH are alternate conformers with occupancy ...HETEROGEN The residue 1104 of HEM and residue 1105 of ZNH are alternate conformers with occupancy of 0.68 and 0.32, respectively. In similar residue 1106 of HEM and residue 1107 of ZNH are alternate conformers with occupancy 0.68 and 0.32, respectively.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2696
ポリマ－22,7802
非ポリマー2,4894
水6,666370
1
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6353
ポリマ－11,3901
非ポリマー1,2452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6353
ポリマ－11,3901
非ポリマー1,2452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.180, 74.180, 35.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11390.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thunnus thynnus (クロマグロ) / 参照: UniProt: P81459
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4O4Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: (NH4)2SO4 NaCL NaPi, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
170-85 %satammonium sulfate1reservoir
20.75 M1reservoirNaCl
30.1 MNaPi1reservoirpH6.0
44-10 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月28日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 27877 / Num. obs: 27877 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / % possible all: 68.4
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CYT

3cyt


解像度: 1.5→21.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 529342.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Crystals contain a 2:1 mixture of Fe- and Zn-porphyrin. Residues 1104 and 1105 and residues 1106 and 1107 were refined as non-interacting metalloporphyrins of occupancies determined from ...詳細: Crystals contain a 2:1 mixture of Fe- and Zn-porphyrin. Residues 1104 and 1105 and residues 1106 and 1107 were refined as non-interacting metalloporphyrins of occupancies determined from anomalous scattering experiments. No stereochemical restraints on Fe and Zn interactions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2172 8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.226 27235 --
obs0.226 27235 86.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.62 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1600 0 172 370 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.262.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 150 7.6 %
Rwork0.385 1833 -
obs--63.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMEWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMTOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION3TOPHZN.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.396 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor Rwork: 0.385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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