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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i54 | |||||||||
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タイトル | CYTOCHROME C (TUNA) 2FE:1ZN MIXED-METAL PORPHYRINS | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c / zinc-porphyrin / mixed-metal | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thunnus thynnus (クロマグロ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Crane, B.R. / Tezcan, F.A. / Winkler, J.R. / Gray, H.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Electron tunneling in protein crystals. 著者: Tezcan, F.A. / Crane, B.R. / Winkler, J.R. / Gray, H.B. | |||||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The residue 1104 of HEM and residue 1105 of ZNH are alternate conformers with occupancy ...HETEROGEN The residue 1104 of HEM and residue 1105 of ZNH are alternate conformers with occupancy of 0.68 and 0.32, respectively. In similar residue 1106 of HEM and residue 1107 of ZNH are alternate conformers with occupancy 0.68 and 0.32, respectively. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i54.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i54.ent.gz | 48 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i54_validation.pdf.gz | 694 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i54_full_validation.pdf.gz | 703.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i54_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i54_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11390.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thunnus thynnus (クロマグロ) / 参照: UniProt: P81459 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: (NH4)2SO4 NaCL NaPi, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 27877 / Num. obs: 27877 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / % possible all: 68.4 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3CYT 解像度: 1.5→21.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 529342.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Crystals contain a 2:1 mixture of Fe- and Zn-porphyrin. Residues 1104 and 1105 and residues 1106 and 1107 were refined as non-interacting metalloporphyrins of occupancies determined from ...詳細: Crystals contain a 2:1 mixture of Fe- and Zn-porphyrin. Residues 1104 and 1105 and residues 1106 and 1107 were refined as non-interacting metalloporphyrins of occupancies determined from anomalous scattering experiments. No stereochemical restraints on Fe and Zn interactions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.62 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.396 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor Rwork: 0.385 |