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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i4r | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 6.5 | ||||||
![]() | ENTEROTOXIN TYPE C-2 | ||||||
![]() | TOXIN / ENTEROTOXIN / SUPERANTIGEN / ZINC BINDING / IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of staphylococcal enterotoxin C2 at various pH levels. 著者: Kumaran, D. / Eswaramoorthy, S. / Furey, W. / Sax, M. / Swaminathan, S. #1: ![]() タイトル: Residues Defining V-Beta Specificity in Staphylococcal Enterotoxins 著者: Swaminathan, S. / Furey, W. / Pletcher, J. / Sax, M. #2: ![]() タイトル: Preliminary X-Ray Studies on Two New Crystal Forms of Staphylococcal Enterotoxin C2 著者: Swaminathan, S. / Furey, W. / Pletcher, J. / Sax, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27622.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P34071 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1997年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 14722 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.1 Å / % possible all: 29.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 66686 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 29.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1SE2 解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |