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万見
- PDB-1i3w: ACTINOMYCIN D BINDING TO CGATCGATCG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i3w
タイトルACTINOMYCIN D BINDING TO CGATCGATCG
要素
  • 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
  • ACTINOMYCIN D
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTIBIOTIC / ANTI CANCER / ANTITUMOR / MISMATCH / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Actinomycin D / : / DNA
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Yang, X.-L. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystallographic Analysis of a Novel Complex of Actinomycin D Bound to the DNA Decamer Cgatcgatcg.
著者: Robinson, H. / Gao, Y.G. / Yang, X. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Wang, A.H.
履歴
登録2001年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software ...pdbx_validate_polymer_linkage / software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
B: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
C: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
E: ACTINOMYCIN D
F: ACTINOMYCIN D
G: ACTINOMYCIN D
H: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6058
ポリマ－17,6058
非ポリマー00
水3,387188
1
A: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
B: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
E: ACTINOMYCIN D
F: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8034
ポリマ－8,8034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'
G: ACTINOMYCIN D
H: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8034
ポリマ－8,8034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.013, 47.013, 160.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*C*GP*AP*TP*CP*GP*AP*(BRU)P*CP*GP)-3'


分子量: 3109.874 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド
ACTINOMYCIN D / DACTINOMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (天然) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, Actinomycin D
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 %
結晶化pH: 4.5
詳細: GLYCINE BUFFER, BARIUM CHLORIDE, SPERMINE, PEG400, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1glycine buffer11
2barium chloride11
3spermine11
4PEG 40011
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.3 mMDNA single strand1drop
21.3 mMActD1drop
340 mMglycine buffer1drop
410 mM1dropBaCl2
53 mMspermine1drop
64 %PEG4001drop
750 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.953
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→10 Å / Num. obs: 19747 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 88.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.533

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→10 Å / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN
詳細: SHELX-97 HOPE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 980 5 %RANDOM 5%
all0.239 19747 --
obs0.237 -95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SHELX-97 SWAT
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数360 770 0 188 1318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.081
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 17034 / σ(I): 2 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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