PDB-1i3v: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A LAMA VHH DOMAIN UNLIGANDED

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i3v

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A LAMA VHH DOMAIN UNLIGANDED

要素

ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / domain VHH / Lama

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Tegoni, M. / Frenken, L. / van Vliet, C. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Lateral recognition of a dye hapten by a llama VHH domain.
著者: Spinelli, S. / Tegoni, M. / Frenken, L. / van Vliet, C. / Cambillau, C.

履歴

登録	2001年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i3v.cif.gz	63.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i3v.ent.gz	47.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i3v_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i3v_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	1i3v_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	1i3v_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i3uSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3le0-d 3ln9-d 2w1q-2 6xxn-1 6heq-d 2wdb-1 7lvu-2 4b5e-2 7lvu-4 2w1q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN

B: ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.669, 56.088, 102.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	ANTIBODY VHH LAMA DOMAIN 分子量: 14049.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG MME 5000, Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 42 %

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	6.7 mg/ml	protein	1	drop
2	22 %	PEG5000 MME	1	reservoir
3	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→25 Å / Num. all: 57618 / Num. obs: 16273 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.8 Å² / R_sym value: 0.046
反射シェル	解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2005 / R_sym value: 0.169 / % possible all: 94.6
反射	PLUS Num. measured all: 57618 / R_merge(I) obs*: 0.046
反射シェル	PLUS % possible obs: 94.6 % / R_merge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs*: 4.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I3U

1i3u

解像度: 2.03→14.6 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1727957.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1066	6.9 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.212	15339	95.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 42.72 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.31 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.27 Å	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→14.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1974	0	0	147	2121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	28
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.35
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.17	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.97	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.72	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.64	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.16 Å / R_factor R_free error: 0.026 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	174	7 %
R_work	0.272	2328	-
obs	-	-	95.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / R_factor obs: 0.211 / R_factor R_free: 0.244

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 26.3 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	27.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.14
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.345 / % reflection R_free: 7 % / R_factor R_work: 0.272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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