ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 355D 解像度: 1.6→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.256 | 936 | 10.5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.224 | - | - | - |
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all | - | 8895 | - | - |
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obs | - | 8895 | 97.6 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.96 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.72 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.24 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.26 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.31 Å | 0.25 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 486 | 11 | 104 | 601 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.004 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg0.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.41 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.429 | 74 | 8.9 % |
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Rwork | 0.376 | 759 | - |
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obs | - | - | 93.8 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor obs: 0.224 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 24.5 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg0.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.41 | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.429 / % reflection Rfree: 8.9 % / Rfactor Rwork: 0.376 |
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