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- PDB-1i34: SOLUTION DNA QUADRUPLEX WITH DOUBLE CHAIN REVERSAL LOOP AND TWO D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i34
タイトルSOLUTION DNA QUADRUPLEX WITH DOUBLE CHAIN REVERSAL LOOP AND TWO DIAGONAL LOOPS CONNECTING GGGG TETRADS FLANKED BY G-(T-T) TRIAD AND T-T-T TRIPLE
要素5'-D(*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / DIAGONAL LOOP / DOUBLE CHAIN REVERSAL LOOP / G(SYN)-G(SYN)-G(ANTI)-G(ANTI) TETRADS / G-(T-T) TRIAD / UNIMOLECULAR G-QUADRUPLEX / T-T-T TRIPLE / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
データ登録者Kuryavyi, V. / Majumdar, A. / Shallop, A. / Chernichenko, N. / Skripkin, E. / Jones, R. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: A double chain reversal loop and two diagonal loops define the architecture of a unimolecular DNA quadruplex containing a pair of stacked G(syn)-G(syn)-G(anti)-G(anti) tetrads flanked ...タイトル: A double chain reversal loop and two diagonal loops define the architecture of a unimolecular DNA quadruplex containing a pair of stacked G(syn)-G(syn)-G(anti)-G(anti) tetrads flanked by a G-(T-T) Triad and a T-T-T triple.
著者: Kuryavyi, V. / Majumdar, A. / Shallop, A. / Chernichenko, N. / Skripkin, E. / Jones, R. / Patel, D.J.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2581
ポリマ－6,2581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,BACK-CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM
代表モデルモデル #3closest to the average, fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3'


分子量: 6258.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141COSY-45
151
161
171
181
191
1101
NMR実験の詳細Text: SITE-SPECIFIC SUBSTITUTED SAMPLES CONTAINING 8BR-A,8BR-G,DU,5BR-DU, 2,6A, I, 5ME-C ANALOGS AND SITE-SPECIFIC OR UNIFORMLY 13C AND 15N LABELED SAMPLES HAVE BEEN USED

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15-10 MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER90% H2O/10% D2O
25-10MM DNA (SINGLE STRANDS); 5MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER100% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NACL / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 278.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VARIAN UNITY INOVA / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN UNITY INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER, A.T. et al.精密化
VNMR6VARIANcollection
Felix2000MSI解析
Insight II2000MSIデータ解析
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT, RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL OF X-PLOR WITH THE DISTANCE RESTRAINTS OBTAINED EXPERIMENTALLY SPECIFIED AS NOE. ...詳細: A TOTAL OF 100 INITIAL DNA STRUCTURES WERE GENERATED USING THE METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY PROTOCOL OF X-PLOR WITH THE DISTANCE RESTRAINTS OBTAINED EXPERIMENTALLY SPECIFIED AS NOE. FOURTEEN STRUCTURES WERE IDENTIFIED BASED ON THE CRITERION ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, LOW DISTANCE RESTRAINT VIOLATIONS AND FAVORABLE NON-BONDED ENERGY. THE VARIATION IN ENERGIES WITHIN THIS SUBSET OF STRUCTURES WAS 46 KCAL/MOL AND WAS SEPARATED FROM THE REMAINING STRUCTURES BY A GAP OF 200 KCAL/MOL. THE TEN BEST STRUCTURES FROM THIS SUBSET OF FOURTEEN WERE FURTHER OPTIMIZED WITH RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, MOLECULAR MECHANICS AND RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT. THE PROTOCOLS ARE AS FOLLOWS. THE DYNAMICS WAS INITIATED AT 300K AND THE TEMPERATURE WAS INCREASED TO 1000K DURING 7PS. AFTER 0.5 PS THE FORCE CONSTANTS WERE GRADUALLY SCALED DURING 17.5 PSEC IN THE PROPORTION 1: 4: 8 FOR THREE CLASSES OF NOE: EXCHANGEABLE, NONEXCHANGEABLE AND HYDROGEN BONDS, RESP. THE STRUCTURES WERE THEN SLOWLY COOLED TO 300K IN 2.8 PS AND EQUILIBRATED AT 300K FOR 12 PS. SOFT PLANARITY RESTRAINTS WERE SWITCHED OFF BEFORE THE EQUILIBRATION STAGE.THE COORDINATES SAVED EVERY 0.5 PS DURING THE LAST 4.0 PS WERE AVERAGED AND THE AVERAGE STRUCTURE WAS SUBJECTED TO 3000 STEPS OF MINIMIZATION. THE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND HYDROGEN BONDS OF THE GGGG TETRADS WERE MAINTAINED THROUGHOUT. THE OBTAINED STRUCTURES WERE SUBJECTED TO RELAXATION MATRIX INTENSITY REFINEMENT. THE INTENSITY VOLUMES WERE USED AS RESTRAINTS AND NON-EXCHANGEABLE PROTON DISTANCE RESTRAINTS WITH THE SCALE FACTOR OF 0.1 RELATIVE TO THE INTENSITY RESTRAINTS. SOFT PLANARITY RESTRAINTS MAINTAINED DURING RELAXATION REFINEMENTS WERE SWITCHED OFF BEFORE THE FINAL STEPS OF MINIMIZATION. THE RELAXATION PATHWAYS WERE CALCULATED USING CUTOFF 4.5 ANGSTROM AND 7.91 NS ISOTROPIC CORRELATION TIME. THE STRUCTURES EXHIBIT PAIRWISE R.M.S.D. VALUE OF 1.07 A.
代表構造選択基準: closest to the average, fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,BACK-CALCULATED DATA AGREE ...コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,BACK-CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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