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- PDB-1i1y: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CLASS I MHC (HLA-A2.1) COMPLEXED WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CLASS I MHC (HLA-A2.1) COMPLEXED WITH BETA 2-MICROGLOBULIN AND HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
  • HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV)
キーワードIMMUNE SYSTEM / HUMAN CLASS I MHC / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kirksey, T.J. / Collins, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The structural basis for the increased immunogenicity of two HIV-reverse transcriptase peptide variant/class I major histocompatibility complexes.
著者: Kirksey, T.J. / Pogue-Caley, R.R. / Frelinger, J.A. / Collins, E.J.
履歴
登録1999年4月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV)
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5546
ポリマ－89,5546
非ポリマー00
水3,585199
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7773
ポリマ－44,7773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7773
ポリマ－44,7773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.613, 63.591, 75.326
Angle α, β, γ (deg.)81.93, 75.94, 78.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.915475, 0.402374, -0.000847), (0.402359, 0.915456, 0.006885), (0.003545, 0.005962, -0.999976)
ベクター: 23.1851, -48.12, 32.6584)

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / HLA-A2.1


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDE-BINDING DOMAIN + ALPHA3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PLM1 / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA 2-MICROGLOBULIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PLM1 / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1Y (YLKEPVHGV) / I1Y


分子量: 1043.215 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 309-317 / Mutation: I1Y / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 18% PEG8000, IN 25MM MES BUFFER, PH6.5. THE HANGING DROP WAS A 1:1 MIXTURE OF THE ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 18% PEG8000, IN 25MM MES BUFFER, PH6.5. THE HANGING DROP WAS A 1:1 MIXTURE OF THE RESERVOIR SOLUTION AND THE PROTEIN SOLUTION WHICH CONTAINED 10MG/ML PROTEIN IN 25MM MES BUFFER, PH6.5., pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotease1drop
225 mMMES1drop
318 %PEG80001reservoir
425 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.0789
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 45024 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 23.1 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 222078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoREIN CCP4位相決定
REFMAC精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHH

1hhh


解像度: 2.2→15 Å / SU B: 7.8 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 3600 8 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.244 40341 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 0 199 6515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0340.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0570.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.4342
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4033
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8342
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.963
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1070.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor9.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor25.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.489
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg25.43
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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