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- PDB-1i1r: CRYSTAL STRUCTURE OF A CYTOKINE/RECEPTOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CYTOKINE/RECEPTOR COMPLEX
要素
  • INTERLEUKIN-6 RECEPTOR BETA CHAIN
  • VIRAL IL-6
キーワードCYTOKINE / cytokine-receptor complex / gp130 / viral IL-6
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding ...ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-27-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / growth factor binding / Interleukin-6 signaling / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of Notch signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / cytokine binding / MAPK1 (ERK2) activation / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site ...Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chow, D. / He, X. / Snow, A.L. / Rose-John, S. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structure of an extracellular gp130 cytokine receptor signaling complex.
著者: Chow, D. / He, X. / Snow, A.L. / Rose-John, S. / Garcia, K.C.
履歴
登録2001年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER, OF WHICH HALF (ONE VIL-6, ONE GP130) IS IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE DYAD-AXIS OF THE TETRAMER IS THE C2 CRYSTALLOGRAPHIC AXIS. NOTE: COORDINATES FOR THE ENTIRE TETRAMER CAN BE OBTAINED DIRECTLY FROM THE AUTHORS (kcgarcia@stanford.edu).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR BETA CHAIN
B: VIRAL IL-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5212
ポリマ－55,5212
非ポリマー00
水6,666370
1
A: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR BETA CHAIN
B: VIRAL IL-6

A: INTERLEUKIN-6 RECEPTOR BETA CHAIN
B: VIRAL IL-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0434
ポリマ－111,0434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)103.000, 123.310, 76.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the 2-fold crystallographic axis

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-6 RECEPTOR BETA CHAIN / GP130


分子量: 34664.105 Da / 分子数: 1
断片: DOMAINS 1, 2, 3 OF THE GP130 EXTRACELLULAR DOMAIN (RESIDUES 1-303)
由来タイプ: 組換発現
詳細: EXPRESSED IN THE PRESENCE OF INHIBITOR OF N-LINKED GLYCOSYLATION (TUNICAMYCIN)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40189
#2: タンパク質 VIRAL IL-6 / FUNCTIONAL INTERLEUKIN-6 HOMOLOG


分子量: 20857.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NON-GLYCOSYLATED
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q98823
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPEG 2000, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 70 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
210 %mPEG200011
30.1 MNa citrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 34376 / Num. obs: 34376 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3420 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 106397
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: human Interleukin-6 1ALU, gp130 D2D3 domains 1BQU

1alu

1bqu


解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: wilson B value 50.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3425 -RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.213 34376 --
obs0.213 34376 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å213.53 Å2-13.12 Å2
2--0 Å2-5.74 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 0 370 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 353 -
Rwork0.321 --
obs-3420 99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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