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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i19 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE FROM B.STEROLICUM | ||||||
![]() | CHOLESTEROL OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MIX ALPHA BETA / covalent FAD / Flavoenzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / FAD binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coulombe, R. / Yue, K.Q. / Ghisla, S. / Vrielink, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Oxygen access to the active site of cholesterol oxidase through a narrow channel is gated by an Arg-Glu pair. 著者: Coulombe, R. / Yue, K.Q. / Ghisla, S. / Vrielink, A. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Cholesterol Oxidase from Brevibacterium sterolicum Containing Covalently Bound FAD 著者: Croteau, N. / Vrielink, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 61575.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT FAD 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1023分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CAC / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 8K, MnSO4, NaCacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 詳細: Croteau, N., (1996) J.STRUCT.BIOL., 116, 317. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月27日 |
放射 | モノクロメーター: crystals Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. all: 554010 / Num. obs: 550182 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7196 / % possible all: 68.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 150202 / Num. measured all: 550182 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The following atoms have occupancies set to 0.00 or 0.50 because of weak electron density: CG1 and CG2 of VAL 349 chains A and B have occupancy set to 0.00; CG, OD1, ND2 of ASN A 65, all ...詳細: The following atoms have occupancies set to 0.00 or 0.50 because of weak electron density: CG1 and CG2 of VAL 349 chains A and B have occupancy set to 0.00; CG, OD1, ND2 of ASN A 65, all atoms of PRO A 330, CG, OD1, OD2 of ASP A 544, CG, OD1, ND2 of ASN B 65, and CG, OD1, OD2 of ASP B 179 have occupancy set to 0.50.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.73 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.264 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.244 |