[日本語] English
万見
- PDB-1i01: CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i01
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FROM E. COLI.
要素BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid biosynthetic process / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding ...biotin biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / lipid biosynthetic process / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / : / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Price, A.C. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structure of beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] reductase from Escherichia coli: negative cooperativity and its structural basis.
著者: Price, A.C. / Zhang, Y.M. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2001年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN HOH 1-36 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 101-136 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH 201-236 ...HETEROGEN HOH 1-36 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 101-136 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B. HOH 201-236 IS ASSOCIATED WITH CHAIN C. HOH 301-336 IS ASSOCIATED WITH CHAIN D. HOH 401-436 IS ASSOCIATED WITH CHAIN E. HOH 501-536 IS ASSOCIATED WITH CHAIN F. HOH 601-636 IS ASSOCIATED WITH CHAIN G. HOH 701-736 IS ASSOCIATED WITH CHAIN H.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
B: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
C: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
D: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
E: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
F: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
G: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
H: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,6988
ポリマ－204,6988
非ポリマー00
水6,287349
1
A: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
B: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
C: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
D: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3494
ポリマ－102,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area35940 Å2
手法PISA
2
E: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
F: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
G: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE
H: BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3494
ポリマ－102,3494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.7, 120.1, 131.1
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.5, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a tetramer formed by molecules A, B, C, and D. / The biological assembly is a tetramer formed by molecules E, F, G, and H.

-
要素

#1: タンパク質
BETA-KETOACYL [ACP] REDUCTASE / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE / 3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE


分子量: 25587.277 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEK2, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 10000, Hepes, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMTris-HCl1droppH7.9
21 mMdithiothreitol1drop
3100 mMEDTA1drop
420 %PEG100001reservoir
5100 mMHEPES1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97938, 0.95373
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979381
20.953731
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 60848 / Num. obs: 56511 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
MARMADデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25 2826 random
Rwork0.228 --
all0.229 55982 -
obs0.229 55982 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13253 0 0 349 13602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 29 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る