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- PDB-1hzo: STRUCTURE OF CLASS A CEPHALOSPORINASE FROM PROTEUS VULGARIS K1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzo
タイトルSTRUCTURE OF CLASS A CEPHALOSPORINASE FROM PROTEUS VULGARIS K1
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / MIXED ALPHA/BETA / CEPHALOSPORINASE / CLASS A BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nukaga, M. / Crichlow, G.V. / Kuzin, A.P. / Mayama, K. / Knox, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of an extended-spectrum class A beta-lactamase from Proteus vulgaris K1.
著者: Nukaga, M. / Mayama, K. / Crichlow, G.V. / Knox, J.R.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IS NOT SEQUENTIAL. Residues 57 and 59, 238 and 240, 252 and 254 are ...SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IS NOT SEQUENTIAL. Residues 57 and 59, 238 and 240, 252 and 254 are covalently bound. The numbering is the accepted consensus numbering scheme for beta-lactamases. Asp24-asn25-asn26 are not seen in the density at the N-terminus, and the last four residues are not seen at the C-term in both molecules.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7694
ポリマ－59,3792
非ポリマー3902
水11,944663
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8852
ポリマ－29,6891
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8852
ポリマ－29,6891
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.65, 66.15, 134.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / CEPHALOSPORINASE


分子量: 29689.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: K1 / 遺伝子: BLAC / プラスミド: PPVCF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AS226-51 / 参照: UniProt: P52664, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: PEG 6000, MES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44.1 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
212.5 %(w/v)PEG60001drop
312.5 mMMES1droppH6.25
425 %PEG1reservoir
525 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年5月3日 / 詳細: Franks mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44 Å / Num. all: 53765 / Num. obs: 49364 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.76 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 5.2 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5658 / Rsym value: 20.3 / % possible all: 64.6
反射
*PLUS
% possible obs: 92 % / Num. measured all: 284238 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65 % / Num. unique obs: 5658 / Num. measured obs: 15124 / Rmerge(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BZA

1bza


解像度: 1.75→44 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 999 -RANDOM
Rwork0.169 ---
all-48685 --
obs-48685 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 42.2 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4068 0 48 663 4779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0045
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 41 -
Rwork0.239 --
obs-2539 49 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.193 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_plane_restr0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.239 / Num. reflection obs: 2580 / Rfactor obs: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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