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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hzf | ||||||
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タイトル | C4ADG FRAGMENT OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR C4A | ||||||
要素 | COMPLEMENT FACTOR C4A | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / alpha-alpha 6 barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / detection of molecule of bacterial origin / opsonization / complement component C1q complex binding / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity ...: / detection of molecule of bacterial origin / opsonization / complement component C1q complex binding / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / carbohydrate binding / blood microparticle / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / axon / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / synapse / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | van den Elsen, J.M.H. / Martin, A. / Wong, V. / Clemenza, L. / Rose, D.R. / Isenman, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: X-ray crystal structure of the C4d fragment of human complement component C4. 著者: van den Elsen, J.M. / Martin, A. / Wong, V. / Clemenza, L. / Rose, D.R. / Isenman, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hzf.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hzf.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hzf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hzf_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hzf_full_validation.pdf.gz | 434.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hzf_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hzf_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/1hzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/1hzf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1c3dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39589.055 Da / 分子数: 1 / 断片: C4ADG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4HU / プラスミド: PSVC4A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P01028, UniProt: P0C0L4*PLUS, classical-complement-pathway C3/C5 convertase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月6日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→26.84 Å / Num. all: 15682 / Num. obs: 15703 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: 0 / Limit k max: 31 / Limit k min: 0 / Limit l max: 37 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 729503.73 / Observed criterion F min: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1057 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. measured all: 43751 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 1057 / Num. measured obs: 2898 / Rmerge(I) obs: 0.511 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1C3D 解像度: 2.3→26.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 43.5389 Å2 / ksol: 0.348081 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.96 Å2 / Biso mean: 41.62 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.29 |