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- PDB-1hy5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF YOPE-YERSINIA PESTIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hy5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF YOPE-YERSINIA PESTIS GAP EFFECTOR PROTEIN.
要素YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE
キーワードTOXIN / four helix up-down-up-down antiparallel bundle / beta hairpin / arginine finger
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host actin cytoskeleton via filamentous actin depolymerization / negative regulation of phagocytosis / GTPase activator activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
YopE, N-terminal domain / YopE, N terminal / Bacterial Rho GTPase-activating protein (GAP) domain profile. / Virulence factor YopE uncharacterised domain / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane virulence protein YopE
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the Yersinia pestis GTPase activator YopE.
著者: Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
履歴
登録2001年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE
B: YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5292
ポリマ－29,5292
非ポリマー00
水1,20767
1
A: YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7651
ポリマ－14,7651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7651
ポリマ－14,7651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.692, 71.978, 62.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological assembly is a monomer - crystal AU contains a dimer. RMSD of the Ca positions within the dimer is 0.34 A

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要素

#1: タンパク質 YERSINIA PESTIS VIRULENCE PROTEIN YOPE / YOPE / YERSINIA OUTER PROTEIN E


分子量: 14764.720 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 90-219); BACTERIAL GTPASE ACTIVATING PROTEIN (GAP DOMAIN)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: YOPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)DE3 / 参照: UniProt: P31493
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Ammonium sulphate, bicine, potassium nitrate, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.2-1.6 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.0(or Bicine pH9.0)
3100-200 mMpotassium nitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月5日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. all: 22062 / Num. obs: 18478 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2291 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 22062 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→100 Å
Isotropic thermal model: isotropic individual atomic B factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh-Huber
詳細: Refinement on unmerged Friedel opposites (due to small but tangible selenium anomalous contribution). Refinement by conjugated-gradient least-squares. Selenomethionine restraints derived from ...詳細: Refinement on unmerged Friedel opposites (due to small but tangible selenium anomalous contribution). Refinement by conjugated-gradient least-squares. Selenomethionine restraints derived from Hic-Up. Two monomers were restrained by NCS (1,4-restraints generated by NCSY in SHELXL). Removal of the NCS restraints does not result in significant changes in the model. The structure was refined using home data (wavelength 1.5418).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 1665 -random
Rwork0.1967 ---
all0.1978 22062 --
obs0.1761 18478 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Babinet (SHELXL) / Bsol: 250.018 Å2 / ksol: 0.879 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9624 Å23.0606 Å2-0.4784 Å2
2--0 Å2-0.5418 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1776 0 0 67 1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg16.5
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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