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- PDB-1hx5: Crystal structure of M. tuberculosis chaperonin-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hx5
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis chaperonin-10
要素10 KDA CHAPERONIN
キーワードCHAPERONE / beta barrel / mobile loop / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / zymogen binding / : / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / response to heat / response to antibiotic ...cell wall / zymogen binding / : / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / response to heat / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O / GroES chaperonin / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Co-chaperonin GroES / Co-chaperonin GroES
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Taneja, B. / Mande, S.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: CURR.SCI. / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional Structure of Mycobacterium tuberculosis Chaperonin-10 Reveals a Partially Stable Conformation for its Mobile Loop
著者: Taneja, B. / Mande, S.C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Chaperonin-10 at 3.5 ang Resolution
著者: Taneja, B. / Mande, S.C.
履歴
登録2001年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10 KDA CHAPERONIN
B: 10 KDA CHAPERONIN
C: 10 KDA CHAPERONIN
D: 10 KDA CHAPERONIN
E: 10 KDA CHAPERONIN
F: 10 KDA CHAPERONIN
G: 10 KDA CHAPERONIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7957
ポリマ－74,7957
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area27760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.5, 162.5, 125.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
10 KDA CHAPERONIN / PROTEIN CPN10


分子量: 10684.979 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: RV3418C / プラスミド: PMAL-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P09621, UniProt: P9WPE5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 400, lithium sulphate, sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropCaCl2
326 %PEG4001reservoir
4210 mM1reservoirLi2SO4
5100 mMacetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 9954 / Num. obs: 9927 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 68.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LEP

1lep


解像度: 3.5→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 478 -Random
Rwork0.202 ---
all0.202 10332 --
obs0.202 9954 96.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4312 0 0 0 4312
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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