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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hww | ||||||
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タイトル | GOLGI ALPHA-MANNOSIDASE II IN COMPLEX WITH SWAINSONINE | ||||||
![]() | ALPHA-MANNOSIDASE II | ||||||
![]() | HYDROLASE / N-terminal alpha-beta domain / three helix bundle / 2 C-terminal beta barrels | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase activity / rhodopsin biosynthetic process / encapsulation of foreign target / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / mannosidase activity / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / N-glycan processing / Golgi stack ...mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase activity / rhodopsin biosynthetic process / encapsulation of foreign target / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / mannosidase activity / alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / N-glycan processing / Golgi stack / protein deglycosylation / protein glycosylation / carbohydrate binding / lysosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | van den Elsen, J.M.H. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Golgi alpha-mannosidase II: a target for inhibition of growth and metastasis of cancer cells. 著者: van den Elsen, J.M. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer with one copy of the protein in the asymmetric unit |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 116222.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Cell (発現宿主): S2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q24451, mannosyl-oligosaccharide 1,3-1,6-alpha-mannosidase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 988分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SWA.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SWA.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-SWA / |
#5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 6000, MPD, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月25日 / 詳細: Osmic focussing optics (mirrors) |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54189 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→69.24 Å / Num. all: 87633 / Num. obs: 87633 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Limit h max: 36 / Limit h min: 0 / Limit k max: 58 / Limit k min: 0 / Limit l max: 74 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 338732 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5601 / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS Num. all: 87633 / Num. obs: 87386 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % / Num. unique obs: 5601 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HTY 解像度: 1.87→69.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.2797 Å2 / ksol: 0.354131 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.55 Å2 / Biso mean: 19.44 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→69.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.87 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.255 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.225 |