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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hvs | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS OF DRUG RESISTANCE FOR THE V82A MUTANT OF HIV-1 PROTEASE: BACKBONE FLEXIBILITY AND SUBSITE REPACKING | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ACID PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Baldwin, E.T. / Bhat, T.N. / Liu, B. / Pattabiraman, N. / Erickson, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structural basis of drug resistance for the V82A mutant of HIV-1 proteinase. 著者: Baldwin, E.T. / Bhat, T.N. / Liu, B. / Pattabiraman, N. / Erickson, J.W. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994 タイトル: Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease 著者: Hosur, M.V. / Bhat, T.N. / Kempf, D.J. / Baldwin, E.T. / Liu, B. / Gulnik, S. / Wideburg, N.E. / Norbeck, D.W. / Appelt, K. / Erickson, J.W. #2: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1993 タイトル: Structure-Based Inhibitors of HIV-1 Protease 著者: Wlodawer, A. / Erickson, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hvs.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hvs.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hvs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hvs_validation.pdf.gz | 465.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hvs_full_validation.pdf.gz | 466.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hvs_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hvs_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/1hvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/1hvs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10775.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04587 #2: 化合物 | ChemComp-A77 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. obs: 7262 / % possible obs: 69 % / Num. measured all: 20561 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→7 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1 |