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- PDB-1hvo: ZINC-AND SEQUENCE-DEPENDENT BINDING TO NUCLEIC ACIDS BY THE N-TER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hvo
タイトルZINC-AND SEQUENCE-DEPENDENT BINDING TO NUCLEIC ACIDS BY THE N-TERMINAL ZINC FINGER DOMAIN OF THE HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN: NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX WITH THE PSI-SITE ANALOG, D/ACGCC
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*C)-3')
  • Hiv-1 Nucleocapsid Zinc Finger
キーワードViral protein/DNA / DNA / ZINC FINGER DOMAIN / HIV-1 NUCLEOCAPSID PROTEIN / PSI-SITE ANALOG / Viral protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者South, T.L. / Summers, M.F.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Zinc- and sequence-dependent binding to nucleic acids by the N-terminal zinc finger of the HIV-1 nucleocapsid protein: NMR structure of the complex with the Psi-site analog, dACGCC.
著者: South, T.L. / Summers, M.F.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: Nucleocapsid Zinc Fingers Detected in Retroviruses: Exafs Studies of Intact Viruses and the Solution-State Structure of the Nucleocapsid Protein from HIV-1
著者: Summers, M.F. / Henderson, L.E. / Chance, M.R. / Bess Junior, J.W. / South, T.L. / Blake, P.R. / Sagi, I. / Perez-Alvarado, G. / Sowder III, R.C. / Hare, D.R. / Arthur, L.O.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: The C-Terminal Retroviral-Type Zinc Finger Domain from the HIV-1 Nucleocapsid Protein is Structurally Similar to the N-Terminal Zinc Finger Domain
著者: South, T.L. / Blake, P.R. / Hare, D.R. / Summers, M.F.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: The Nucleocapsid Protein Isolated from HIV-I Particles Binds Zinc and Form Retroviral-Type Zinc Fingers
著者: South, T.L. / Blake, P.R. / Sowder, R. / Arthur, L.O. / Henderson, L.E. / Summers, M.F.
履歴
登録1992年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*C)-3')
E: Hiv-1 Nucleocapsid Zinc Finger
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5423
ポリマ－3,4762
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 1465.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: タンパク質・ペプチド Hiv-1 Nucleocapsid Zinc Finger


分子量: 2011.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / キーワード: POLYPEPTIDE / 参照: UniProt: Q70622
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE AVERAGE PAIRWISE RMDS'S FOR THE 40 DG/SA STRUCTURES (C,CA,N ATOMS OF RESIDUES A1-L51) IS 0.42 (0.07) ANGSTROMS. THE AVERAGE RMS DEVIATION FOR THE 40 DG/SA STRUCTURES RELATIVE TO THE MEAN ...Text: THE AVERAGE PAIRWISE RMDS'S FOR THE 40 DG/SA STRUCTURES (C,CA,N ATOMS OF RESIDUES A1-L51) IS 0.42 (0.07) ANGSTROMS. THE AVERAGE RMS DEVIATION FOR THE 40 DG/SA STRUCTURES RELATIVE TO THE MEAN COORDINATES (C,CA,N ATOMS OF RESIDUES A1-L51) IS 0.29 (0.07) ANGSTROMS.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: DSPACE / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE INTERNAL CONFORMATION OF THE OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDE, D(ACGCC), WAS HELD FIXED IN AN IDEALIZED A-HELICAL CONFORMATION. THE A-HELIX STRUCTURE WAS GENERATED WITH QUANTA. SIMULATED ...詳細: THE INTERNAL CONFORMATION OF THE OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDE, D(ACGCC), WAS HELD FIXED IN AN IDEALIZED A-HELICAL CONFORMATION. THE A-HELIX STRUCTURE WAS GENERATED WITH QUANTA. SIMULATED ANNEALING WAS PERFORMED IN A MANNER THAT ALLOWED ATOMS OF THE ZINC FINGER ONLY TO MOVE DURING REFINEMENT.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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