ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SADIE/SAINT | | データ収集 | SAINT | | データ削減 | CNS | 1 | 精密化 | SADIE | | データ削減 | SAINT | | データスケーリング |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1QAZ 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 510003.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.197 | 2067 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.158 | - | - | - |
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obs | 0.158 | 20889 | 87.5 % | - |
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all | - | 26235 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.87 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.34 Å2 | 0 Å2 | -0.62 Å2 |
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2- | - | -5.43 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 4.09 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.24 Å | 0.19 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.25 Å | 0.21 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2793 | 0 | 41 | 245 | 3079 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.98 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.3 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.98 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.13 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.16 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.267 | 263 | 9.6 % |
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Rwork | 0.238 | 2479 | - |
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obs | - | 2728 | 69.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMTOPH3.CHOX-RAY DIFFRACTION | 3 | PARAM3.CHO | X-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAM | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.98 | | | | |
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