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- PDB-1hu9: LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 4-HYDROPEROXY-2-METHOXY-PHENOL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hu9
タイトルLIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 4-HYDROPEROXY-2-METHOXY-PHENOL
要素LIPOXYGENASE-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / METALLOPROTEIN / FE(III) COMPLEX / PURPLE LIPOXYGENASE / ENZYME INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 ...Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROPEROXY-2-METHOXY-PHENOL / : / Seed linoleate 9S-lipoxygenase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhou, K. / Skrzypczak-Jankun, E. / McCabe, N.P. / Selman, S.H. / Jankun, J.
引用
ジャーナル: INT.J.MOL.MED. / 年: 2003
タイトル: Structure of curcumin in complex with lipoxygenase and its significance in cancer.
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Zhou, K. / McCabe, N.P. / Selman, S.H. / Jankun, J.
#1: ジャーナル: Int.J.Mol.Med. / 年: 2000
タイトル: Curcumin Inhibits Lipooxygenase by Binding to its Center Cavity: Theoretical and X-Ray Evidence
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / McCabe, N.P. / Selman, S.H. / Jankun, J.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Structure of Soybean Lipoxygenase L3 and a Comparison with its L1 Isoenzyme
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Amzel, L.M. / Kroa, B.A. / Funk Jr., M.O.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural and Thermochemical Characterization of Lipoxygenase-Catechol Complexes
著者: Pham, C. / Jankun, J. / Skrzypczak-Jankun, E. / Flowers II, R.A. / Funk Jr., M.O.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Position 713 is Critical for Catalysis But not Iron Binding in Soybean Lipoxygenase 3
著者: Kramer, J.A. / Johnson, K.R. / Dunham, W.R. / Sands, R.H. / Funk Jr., M.O.
履歴
登録2001年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell / Item: _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOXYGENASE-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1313
ポリマ－96,9191
非ポリマー2122
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.790, 137.320, 61.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LIPOXYGENASE-3 / EC 1.13.11.12 OXIDOREDUCTASE / L-3


分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEX WITH 4-HYDROPEROXY-2-METHOXY-PHENOL A PHOTODEGREDATION PRODUCT OF CURCUMIN
由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 株: BEESON-80 CULTIVAR / 参照: UniProt: P09186, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-4HM / 4-HYDROPEROXY-2-METHOXY-PHENOL


分子量: 156.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG 8000, phosphate-citrate buffer, sodium azide, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 45106 / Num. obs: 45106 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 4304 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNH

1lnh


解像度: 2.2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. DISORDERED REGIONS 33-45 WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT, HOWEVER, THE HIGH B-FACTOR INDICATE DISORDER AND LOW RELIABILITY FOR THIS LOOP. ...詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. DISORDERED REGIONS 33-45 WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT, HOWEVER, THE HIGH B-FACTOR INDICATE DISORDER AND LOW RELIABILITY FOR THIS LOOP. THE IRON BINDING SITE CONSISTS OF HIS 518, HIS 523, HIS 709 ASN 713, ILE 857 (C-TERMINAL) AND 4HM 861.THESE LIGANDS ARE ALL COVALENTLY BOUND TO IRON FE 858 IN AN OCTAHEDRAL COORDINATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3932 9.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.2012 43180 --
obs0.185 39461 83.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6778 0 12 421 7211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.340.31185250.2621445256.6
2.34-2.520.29375630.2395519666.06
2.52-2.770.28816540.2278578073.01
2.77-3.170.27697050.20886374
3.17-40.26537520.164683886.37
4-400.25147336.60.14862051688986.11
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARFRG_NEW.FETOPFRG_NEW.FE
X-RAY DIFFRACTION3PAR.HMPTOP.HMP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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