PDB-1htx: SOLUTION STRUCTURE OF THE MAIN ALPHA-AMYLASE INHIBITOR FROM AMARA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1htx

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE MAIN ALPHA-AMYLASE INHIBITOR FROM AMARANTH SEEDS

要素

ALPHA-AMYLASE INHIBITOR AAI

キーワード

PLANT PROTEIN / cysteine knot

機能・相同性

alpha-amylase inhibitor activity / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / endopeptidase inhibitor activity / Alpha-amylase inhibitor AAI

機能・相同性情報

生物種

Amaranthus hypochondriacus (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Martins, J.C. / Enassar, M. / Willem, R. / Wieruzeski, J.M. / Lippens, G. / Wodak, S.J.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the main alpha-amylase inhibitor from amaranth seeds.
著者: Martins, J.C. / Enassar, M. / Willem, R. / Wieruzeski, J.M. / Lippens, G. / Wodak, S.J.

履歴

登録	2001年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1htx.cif.gz	185 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1htx.ent.gz	159.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1htx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1htx_validation.pdf.gz	350.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1htx_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	1htx_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	1htx_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1htx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1htx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1clv 1qfd
類似構造データ	6sab-d 1cbh-d 2ck5-d 2lr5-d 3lo1-d 2lu9-d 1q2k-d 2pm5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-AMYLASE INHIBITOR AAI

3.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	ALPHA-AMYLASE INHIBITOR AAI 分子量: 3595.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amaranthus hypochondriacus (植物) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P80403

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	2	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	TOCSY
1	5	1	2D NOESY
1	6	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined from 2D 1H NMR techniques only using the sequence specific resonance assignment procedure, followed by NOE and J data collection, calculation bij X-plor and ...

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.8 mM AAI, 0.05 mM NaN3	90% H2O/10% D2O
2	1.8 mM AAI, 0.05 mM NaN3	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	2.95	ambient	277 K
2	2.95	ambient	277 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	2
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.5	Bruker	collection
VNMR		Varian	collection
X-PLOR	3.1	Nilges, M.	構造決定
NMR_Refine	98	MSI	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: restrained MD at 1000K follwed by stepwise cooling to 300K and final restrained energy optimisation

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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