+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1htw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMPLEX OF HI0065 WITH ADP AND MAGNESIUM | ||||||
![]() | HI0065 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / nucleotide-binding fold / Structure 2 Function Project / S2F | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the YjeE protein from Haemophilus influenzae: a putative Atpase involved in cell wall synthesis 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Tordova, M. / Thanki, N. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | probably monomer |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 17986.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HI0065 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 418分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0642 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 48750 / Num. obs: 48750 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 395260 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FL9 解像度: 1.7→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: 0.02
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|