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- PDB-1hru: THE STRUCTURE OF THE YRDC GENE PRODUCT FROM E.COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hru
タイトルTHE STRUCTURE OF THE YRDC GENE PRODUCT FROM E.COLI
要素YRDC GENE PRODUCT
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein folding / structural genomics / RNA / Sua5 / YrdC / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonylcarbamoyladenylate synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / regulation of translational fidelity / nucleotidyltransferase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / tRNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonylcarbamoyl-AMP synthase / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Threonylcarbamoyl-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Teplova, M. / Tereshko, V. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Bushueva, T. / Anderson, W.F. / Egli, M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: The structure of the yrdC gene product from Escherichia coli reveals a new fold and suggests a role in RNA binding.
著者: Teplova, M. / Tereshko, V. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Bushueva, T. / Anderson, W.F. / Egli, M.
履歴
登録2000年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YRDC GENE PRODUCT
B: YRDC GENE PRODUCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5804
ポリマ－41,3912
非ポリマー1902
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.500, 71.650, 55.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.25, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 YRDC GENE PRODUCT / 20.8 KDA PROTEIN IN AROE-SMG INTERGENIC REGION


分子量: 20695.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YRDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: P45748
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: sodium potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.6 Msodium potassium phosphate1reservoir
31

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9794, 0.9465
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97941
30.94651
反射解像度: 1.96→30 Å / Num. all: 62780 / Num. obs: 62780 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.68 % / Biso Wilson estimate: 5.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 23642 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 230966
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→22.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 345209.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 5212 10.2 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 51213 83.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.84 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å27.08 Å2
2---5.13 Å20 Å2
3---4.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 0 10 386 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 780 10.3 %
Rwork0.217 6806 -
obs--74.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.236 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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