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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hri | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE DETERMINATION OF ANTIVIRAL COMPOUND SCH 38057 COMPLEXED WITH HUMAN RHINOVIRUS 14 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / COAT PROTEIN / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, A. / Nanni, R.G. / Oren, D.A. / Arnold, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure determination of antiviral compound SCH 38057 complexed with human rhinovirus 14. 著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Li, T. / Arnold, G.F. / Oren, D.A. / Jacobo-Molina, A. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Rubenstein, D.A. / Li, Y. / Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. ...著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Li, T. / Arnold, G.F. / Oren, D.A. / Jacobo-Molina, A. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Rubenstein, D.A. / Li, Y. / Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. / Schwartz, J. / Miller, G. / Bauer, B. / Versace, R. / Pinto, P. / Ganguly, A. / Girijavallabhan, V. / Arnold, E. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Sch 38057: A Picornavirus Capsid-Binding Molecule with Antiviral Activity After the Initial Stage of Viral Uncoating 著者: Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. / Slater, W. / De Martino, J. / Schwartz, J. / Miller, G. / Arnold, E. / Zhang, A. / Morrow, C. / Jablonski, S. / Pinto, P. / Versace, R. ...著者: Rozhon, E. / Cox, S. / Buontempo, P. / O'Connell, J. / Slater, W. / De Martino, J. / Schwartz, J. / Miller, G. / Arnold, E. / Zhang, A. / Morrow, C. / Jablonski, S. / Pinto, P. / Versace, R. / Duelfer, T. / Girijavallabhan, V. #2: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Structure-Activity Relationships for Antiviral Agents that Interact with Picornavirus Capsids 著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Oren, D.A. / Rozhon, E.J. / Arnold, E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Analysis of the Structure of a Common Cold Virus, Human Rhinovirus 14, Refined at a Resolution of 3.0 Angstroms 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988 タイトル: The Use of Molecular-Replacement Phases for the Refinement of the Human Rhinovirus 14 Structure 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1985 タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses 著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A BIFURCATED SHEET IN EACH OF CHAINS *1*, *2*, AND *3*. TO REPRESENT THIS FEATURE ...SHEET THERE IS A BIFURCATED SHEET IN EACH OF CHAINS *1*, *2*, AND *3*. TO REPRESENT THIS FEATURE REDUNDANT SHEETS ARE DEFINED. THUS SHEETS B11 AND B12 DIFFER ONLY IN STRAND 4, SHEETS B12 AND B22 DIFFER ONLY IN STRAND 4, AND SHEETS B13 AND B23 DIFFER IN STRANDS 1 AND 4 (DOUBLY BIFURCATED). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hri.cif.gz | 155.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hri.ent.gz | 117.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hri_validation.pdf.gz | 467.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hri_full_validation.pdf.gz | 549.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hri_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hri_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/1hri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/1hri | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 20||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 2 83 IS A CIS PROLINE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HELA CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#5: 化合物 | ChemComp-S57 / |
配列の詳細 | THE STRAIN USED IN THIS STUDY HAS A MUTATION AT RESIDUE 170 OF CHAIN 2. IN THE NATIVE VIRUS THIS ...THE STRAIN USED IN THIS STUDY HAS A MUTATION AT RESIDUE 170 OF CHAIN 2. IN THE NATIVE VIRUS THIS RESIDUE IS ILE. IN THE STRAIN USED IN THIS STUDY THIS RESIDUE IS LEU. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Arnold, E. et al (1984). J. Mol. Biol., 177, 417-430. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 147740 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.5 Å / % possible obs: 19 % / Num. unique obs: 40195 |
-解析
ソフトウェア | 名称: FRODO / 分類: モデル構築 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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