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- PDB-1hqz: Cofilin homology domain of a yeast actin-binding protein ABP1P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqz
タイトルCofilin homology domain of a yeast actin-binding protein ABP1P
要素ACTIN-BINDING PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cofilin homology domain / actin binding / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / site of polarized growth / actin cortical patch assembly / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding ...protein localization to actin cortical patch / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / site of polarized growth / actin cortical patch assembly / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cortical actin cytoskeleton / actin filament binding / cell cortex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Fungal actin-binding protein 1, second SH3 domain / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, PHASED TRANSLATION FUNCTION, 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Strokopytov, B.V. / Fedorov, A.A. / Mahoney, N. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Phased translation function revisited: structure solution of the cofilin-homology domain from yeast actin-binding protein 1 using six-dimensional searches.
著者: Strokopytov, B.V. / Fedorov, A. / Mahoney, N.M. / Kessels, M. / Drubin, D.G. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure determination of yeast cofilin
著者: Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Homology of a yeast actin-binding protein to signal transduction proteins and myosin-1
著者: Drubin, D.G. / Mulholland, J. / Zhu, Z. / Botstein, D.
#3: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1993
タイトル: Cofilin is an essential component of the yeast cortical cytoskeleton
著者: Moon, A.L. / Janmey, P.A. / Louie, K.A. / Drubin, D.G.
履歴
登録2000年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ACTIN-BINDING PROTEIN
2: ACTIN-BINDING PROTEIN
3: ACTIN-BINDING PROTEIN
4: ACTIN-BINDING PROTEIN
5: ACTIN-BINDING PROTEIN
6: ACTIN-BINDING PROTEIN
7: ACTIN-BINDING PROTEIN
8: ACTIN-BINDING PROTEIN
9: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7469
ポリマ－140,7469
非ポリマー00
水9,296516
1
1: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
2: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
3: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
4: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
5: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
6: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
7: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
8: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
9: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6381
ポリマ－15,6381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
9: ACTIN-BINDING PROTEIN

9: ACTIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2772
ポリマ－31,2772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.48, 66.68, 125.10
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 108.26, 90.0
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
119-9203-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質
ACTIN-BINDING PROTEIN / ABP1P


分子量: 15638.401 Da / 分子数: 9 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-141 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15891
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122-28 %PEG40001reservoir
20.3 Msodium citrate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.04019 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 68718 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Num. unique all: 9605 / % possible all: 89.6
反射
*PLUS
Num. obs: 68796 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
X-PLORモデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
X-PLOR位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, PHASED TRANSLATION FUNCTION, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1COF

1cof


解像度: 2.1→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 6875 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 67961 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 50.2239 Å2 / ksol: 0.3641 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9669 0 0 521 10190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 1056 10 %
Rwork0.309 9407 -
obs-10463 87.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.358 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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